结论：合同中约定逾期支付租金可以扣押商铺货物的条款，其法律效力需根据具体情况判断，一般情况下，这样的条款可能因违反法律规定而无效。
分析说明：
合同自由原则与限制：
- 合同自由原则允许当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗的前提下，自由约定合同内容。然而，这种自由并非绝对，当合同条款涉及对他人财产的非法处置或限制时，就可能受到法律的限制。
扣押货物的法律性质：
- 扣押货物通常被视为一种对财产的强制措施，这种措施在法律上通常需要由有权机关（如法院、公安机关等）根据法定程序进行。私人之间通过合同约定扣押货物，很可能构成对他人财产权的非法侵犯，从而违反法律的规定。
租赁合同中的特别规定：
- 在租赁合同中，出租人和承租人的权利义务通常由法律进行明确规定。例如，出租人有权收取租金，承租人有权使用租赁物。当承租人逾期支付租金时，出租人可以通过法律途径（如起诉、申请仲裁等）来维护自己的权益，而不是私自扣押承租人的货物。
合同条款的无效情形：
- 根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗的合同条款是无效的。因此，如果租赁合同中约定逾期支付租金可以扣押商铺货物的条款违反了法律的规定或公序良俗，那么该条款就是无效的。
法律建议：
- 对于出租人：在签订租赁合同时，应避免约定此类可能违反法律规定的条款。当承租人逾期支付租金时，应通过法律途径来维护自己的权益，如起诉承租人要求支付租金及违约金等。
- 对于承租人：在签订租赁合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于租金支付和违约责任的条款。如果发现合同中有不合理的或违法的条款，应及时提出异议并与出租人协商修改。
后续行动与可能后果：
- 如果出租人私自扣押了承租人的货物，承租人可以向公安机关报案或向法院起诉出租人，要求返还货物并赔偿损失。
- 如果合同中的扣押条款被认定为无效，出租人将无法依据该条款来扣押承租人的货物，而可能需要通过其他法律途径来维护自己的权益。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如承租人同意出租人在其逾期支付租金时扣押货物作为担保，并且这种扣押行为不违反法律的规定和公序良俗，那么这样的约定可能是有效的。然而，这种情况非常特殊，需要满足严格的法律条件。
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