二类事业单位合同工的工资一般由该事业单位自行发放。以下是对这一问题的详细分析：

1. 事业单位分类与工资发放主体：

   • 事业单位通常分为一类、二类和三类，这种分类主要基于事业单位的经费来源和职能特点。二类事业单位，一般指的是差额拨款事业单位，即其经费部分由财政拨款，部分由单位自身通过业务活动或其他方式筹集。
   • 在工资发放方面，二类事业单位的合同工工资通常不由财政直接支付，而是由事业单位根据自身的财务状况和合同约定来发放。这意味着，合同工的工资水平、发放时间等可能受到事业单位经营状况的影响。

2. 合同工工资的具体发放情况：

   • 二类事业单位与合同工签订劳动合同时，会明确约定工资标准、发放时间、支付方式等条款。这些条款是双方权利义务的重要组成部分，也是合同工工资发放的直接依据。
   • 事业单位应按照合同约定，按时足额支付合同工的工资。如果事业单位出现经营困难或资金紧张等情况，应与合同工协商解决，不得随意拖欠或克扣工资。

3. 相关法律法规的保障：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 如果二类事业单位违反合同约定或法律法规规定，拖欠或克扣合同工的工资，合同工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

4. 特殊情况下的工资发放：

   • 在某些特殊情况下，如事业单位进行改制、合并、分立等，合同工的工资发放可能会受到影响。此时，事业单位应与合同工进行充分沟通，明确工资发放的具体安排和保障措施。
   • 如果合同工对工资发放有疑问或争议，可以与事业单位进行协商解决；协商不成的，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。

建议：作为二类事业单位的合同工，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资发放的部分，确保自己的权益得到充分保障。同时，在日常工作中，应保留好与工资发放相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。