结论：在轻微伤案件中，双方达成调解协议后，公安机关是否还能对双方进行行政处罚，需根据具体情况判断。一般情况下，若调解协议已履行且无其他违法行为，公安机关通常不再处罚；但若存在法定情形，如调解协议未履行、存在其他违法行为或调解违反法律规定，公安机关仍可进行行政处罚。
分析说明：
调解协议的法律效力：
- 调解协议是双方自愿达成的，具有民事合同的性质。一旦双方签署并履行，通常意味着双方就民事赔偿部分已达成一致，且愿意以此了结纠纷。
- 在轻微伤案件中，如果调解协议已经履行，且没有其他违法行为或需要进一步追究的责任，公安机关一般不再对双方进行行政处罚。
公安机关行政处罚的法定情形：
- 调解协议未履行：如果调解协议签订后，一方或双方未按照协议履行义务，如未支付赔偿金等，公安机关在查明事实后，仍有可能对违约方进行行政处罚。
- 存在其他违法行为：即使双方就民事赔偿部分达成了调解协议，但如果存在其他违法行为，如故意伤害过程中的其他犯罪行为（如抢劫、侮辱等），公安机关仍需依法追究相关责任人的刑事责任或行政责任。
- 调解违反法律规定：如果调解过程或调解协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，公安机关有权撤销调解协议，并对相关责任人进行行政处罚。
相关法律依据：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九条：“对于因民间纠纷引起的打架斗殴或者损毁他人财物等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。经调解未达成协议或者达成协议后不履行的，公安机关应当依照本法的规定对违反治安管理行为人给予处罚，并告知当事人可以就民事争议依法向人民法院提起民事诉讼。”
行动建议：
- 对于已达成并履行调解协议的双方：应确保协议内容合法、有效，并全面履行协议义务，以避免可能的行政处罚风险。
- 对于未履行调解协议或存在其他违法行为的双方：应尽快履行协议义务或纠正违法行为，以减少可能的法律后果。同时，如果认为调解协议存在不公平或违法情形，可以及时向公安机关或法院提出异议。
- 在调解过程中：双方应充分了解自己的权利和义务，确保调解协议的内容合法、合理，并明确约定违约责任和争议解决方式。
后续思考：在轻微伤案件中，调解是一种有效的解决纠纷方式，但调解协议的法律效力和履行情况对公安机关是否进行行政处罚具有重要影响。因此，双方在达成调解协议时，应谨慎考虑协议内容，并确保全面履行协议义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。