村干部年终考核倒数被扣绩效，是否合法及应对方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若考核制度合法且程序合规，扣绩效可能合法
   根据《公务员法》《事业单位人事管理条例》及地方对村干部的管理规定，若单位已通过民主程序（如职工代表大会）制定考核制度，明确考核标准、排名规则及绩效扣减条款，且制度内容不违反法律强制性规定（如未设置歧视性条件、未超出合理范围），则单位依据制度扣减绩效属于合法管理行为。
   应对建议：

   • 核实制度依据：要求单位出示考核制度文件，确认制度是否经民主程序制定、是否公示或告知本人；
     
   • 核对考核流程：检查考核过程是否公开透明（如是否包含自评、互评、领导评价等环节），是否存在程序瑕疵（如未通知本人参与考核、未反馈考核结果）；
     
   • 接受合理扣减：若制度合法且程序合规，扣减绩效属于单位自主管理权范畴，建议接受结果并改进工作。

2. 若考核制度或程序存在瑕疵，扣绩效可能违法
   若单位未制定书面考核制度，或制度未经民主程序、未公示，或考核标准模糊（如“工作态度差”等主观评价无客观依据），或考核过程不透明（如仅由领导单方面决定排名），则扣减绩效可能缺乏合法依据，涉嫌侵犯劳动者权益。
   应对建议：

   • 收集证据：保留考核通知、结果公示、制度文件等书面材料，记录考核过程中的异常情况（如未参与自评、未收到反馈）；
     
   • 提出异议：向单位书面提出异议，要求重新复核考核结果并说明扣减依据；
     
   • 申请调解或仲裁：若单位拒绝纠正，可向乡镇政府、农业农村局等上级部门申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（村干部虽非典型劳动者，但部分地区将其纳入劳动法保护范围，需结合地方规定判断）。

3. 若扣减绩效超出合理范围，可能涉及侵权
   即使考核制度合法，若扣减比例过高（如扣减全部绩效），或扣减后工资低于当地最低工资标准，则单位行为可能违反《劳动法》关于工资支付的规定，需承担补发工资、赔偿损失等责任。
   应对建议：

   • 计算扣减后工资：核对工资条，确认扣减后实发工资是否低于最低工资标准；
     
   • 主张合法权益：要求单位补发差额部分，并可依据《劳动合同法》第38条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同（如适用）并主张经济补偿。

总结：村干部被扣绩效是否合法，需结合考核制度合法性、程序合规性及扣减合理性综合判断。建议优先与单位沟通核实依据，若存在争议可进一步收集证据并寻求上级部门或法律途径解决。如有具体制度文件或考核细节，可提供给我进一步分析。