公司一年内安排职工作两次体检，在一般情况下是合法的，但具体是否合法还需结合体检的性质、目的以及相关法律法规和劳动合同的约定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
从法律法规角度
一般体检安排：
- 目前，我国并没有明确的法律法规禁止公司一年内安排职工作两次体检。只要体检是出于对员工健康的关心，且不违反相关法律法规（如不涉及侵犯员工隐私、不强制进行非必要的检查等），那么这种安排通常是合法的。
特殊体检情况：
- 如果体检与职业病防治相关，根据《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定，用人单位应当按照国务院安全生产监督管理部门、卫生行政部门的规定组织上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查，并将检查结果书面告知劳动者。职业健康检查费用由用人单位承担。在这种情况下，如果公司基于职业病防治的需要，一年内安排职工作两次体检（例如在岗期间的定期检查和特殊情况下的额外检查），那么这是合法的，且是公司的法定义务。
从劳动合同和公司规章制度角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了公司有权安排员工进行体检，以及体检的频率和次数，那么公司按照合同约定安排一年内两次体检就是合法的。
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中规定了体检的相关事项，且该规章制度已经经过民主程序制定并公示或告知了员工，那么公司按照规章制度安排体检也是合法的。但需要注意的是，公司规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定。
从员工权益保护角度
员工知情权：
- 公司在安排体检前，应当告知员工体检的目的、内容、时间等相关信息，尊重员工的知情权。如果公司未经员工同意擅自安排体检，或者体检内容涉及员工隐私等敏感信息，那么可能构成对员工权益的侵犯。
员工选择权：
- 在一般情况下，员工有权选择是否参加公司安排的体检。但如果体检与职业病防治相关，且是公司的法定义务，那么员工应当配合公司进行体检。不过，即使在这种情况下，公司也应当尊重员工的合理诉求，如提供必要的便利条件等。
法律建议
- 对于公司：在安排员工体检时，应当遵循法律法规和劳动合同的约定，尊重员工的知情权和选择权。同时，应当确保体检内容的合理性和必要性，避免侵犯员工隐私等敏感信息。
- 对于员工：如果对公司安排的体检有疑问或异议，可以与公司进行沟通协商。如果认为公司的安排违反了法律法规或劳动合同的约定，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，公司一年内安排职工作两次体检在一般情况下是合法的，但具体是否合法还需结合体检的性质、目的以及相关法律法规和劳动合同的约定来综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。