关于公司每3个月进行一次体检是否合法的问题，这主要取决于体检的性质以及劳动者所接触的职业病危害因素。
首先，我们需要明确的是，普通的健康体检与职业健康检查是有所区别的。普通健康体检侧重于常规疾病的筛查，而职业健康检查则是针对劳动者接触职业病危害因素（如粉尘、化学毒物、噪声等）可能带来的健康风险进行的专项体检。它的主要目的是早期发现职业病、职业禁忌证及其他健康问题，从而保护劳动者的健康。
接下来，我们根据《中华人民共和国职业病防治法》的相关规定来分析：
职业健康检查的频率：
- 对于从事接触职业病危害的作业的劳动者，用人单位应当按照国务院卫生行政部门的规定组织上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查。
- 在岗期间的职业健康检查频率，根据工种风险的不同，可以是每1-3年一次。但这里并没有明确规定必须每3个月进行一次。
体检的合法性判断：
- 如果公司进行的每3个月一次的体检是职业健康检查，并且这一频率是基于劳动者所接触的具体职业病危害因素、工作环境的恶劣程度以及相关法律法规或行业标准的要求而确定的，那么这种体检频率是合法的。
- 然而，如果公司进行的只是普通健康体检，并且没有明确的职业病危害因素作为依据，那么每3个月进行一次体检可能并不是法律所要求的，但也不一定违法，只是可能不是最经济或最必要的做法。不过，从劳动者的健康角度出发，频繁的体检通常是有益的。
特殊情况：
- 在某些高风险行业或特殊工作环境中，如化工、矿山、放射作业等，劳动者可能面临更高的职业病风险。在这种情况下，用人单位可能会根据相关规定或行业标准，采取更频繁的职业健康检查，以确保劳动者的健康。
总结与建议：
- 公司每3个月进行一次体检是否合法，主要取决于体检的性质（是职业健康检查还是普通健康体检）以及劳动者所接触的职业病危害因素。
- 如果这是基于职业病危害因素和法律法规要求的职业健康检查，那么这种频率是合法的。
- 如果公司只是进行普通健康体检，并且没有明确的职业病危害因素作为依据，那么虽然不一定违法，但建议公司根据实际情况和法律法规要求，合理确定体检频率。
- 对于劳动者来说，无论体检频率如何，都应积极参与，并关注自己的健康状况。如果发现任何健康问题或疑似职业病，应及时告知用人单位并寻求医疗帮助。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。