针对您提出的“厂里规定抽烟罚款1000是否合法”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂问题。以下是我为您详细分析后的解答：

一、核心结论

在未满足特定法律条件的情况下，厂里直接规定抽烟罚款1000元通常是不合法的。

二、详细分析

1. 行政处罚权的归属：

   • 罚款作为一种行政处罚手段，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，只有具有行政处罚权的行政机关才能在法定职权范围内实施。工厂并非行政机关，因此不具备直接对员工进行罚款的法律权力。

2. 规章制度的合法性与制定程序：

   • 工厂可以基于管理需要制定规章制度，但这些制度必须在法律允许的范围内，并且不能侵犯员工的合法权益。
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工厂在制定直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度还需要向员工进行公示或告知，确保员工知晓并同意。
   • 如果工厂的规章制度未经民主程序制定或未向员工进行公示，那么该规章制度对员工没有约束力，工厂不能依据此规章制度进行罚款。

3. 罚款金额的合理性：

   • 即使工厂的规章制度合法有效，罚款金额也必须合理且适当。1000元的罚款如果明显过高，超出了合理范畴，那么该规定可能因显失公平而不具有合法性。
   • 罚款金额的合理性还需要考虑员工的过错程度以及工厂的实际损失。如果工厂能证明因员工抽烟行为导致了较大的安全隐患或经济损失，并且罚款金额与过错程度和损失相适应，那么罚款可能在合理范围内。但即便如此，罚款金额也应遵循相关法律规定，如《工资支付暂行规定》中关于工资扣除的限制。

4. 员工权益保护：

   • 如果工厂对抽烟员工进行了不合法的罚款，员工有权与公司协商要求返还罚款。
   • 协商不成时，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对工厂的罚款行为进行审查和处理。
   • 员工还可以收集相关证据（如规章制度文本、罚款通知、工资条等），通过劳动仲裁或诉讼的方式来维护自己的合法权益。

三、建议与措施

1. 了解规章制度：

   • 员工应首先了解工厂的规章制度，特别是关于抽烟和罚款的相关规定，确保自己知晓并理解这些规定。

2. 沟通与协商：

   • 如果员工认为罚款不合理或不合法，可以与工厂相关负责人进行沟通，表达自己的看法和异议，尝试通过协商解决争议。

3. 寻求帮助与投诉：

   • 如协商无果，员工可以向工厂工会寻求帮助，由工会进行调解或提供法律援助。
   • 员工还可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对工厂的罚款行为进行审查和处理。

4. 法律途径：

   • 在极端情况下，如果员工认为自己的合法权益受到了严重侵犯，可以通过劳动仲裁或诉讼途径来维护自己的权益。

综上所述，厂里规定抽烟罚款1000元是否合法，关键在于工厂的规章制度是否满足合法性、合理性以及是否遵循了相关法律程序。员工在面对此类情况时，应了解自己的权益，并通过适当的途径来维护自己的合法权益。