项目档案未归档，这一行为主要违反了《建设工程质量管理条例》以及特定领域（如水利领域）的相关管理规定。以下是对此问题的详细解答：
一、违反的法规及条款
《建设工程质量管理条例》第五十九条：
- 规定内容：建设工程竣工验收后，建设单位未向建设行政主管部门或者其他有关部门移交建设项目档案的，责令改正，处1万元以上10万元以下的罚款。
- 解读：这一条款明确指出了项目档案未归档的违法性质，并规定了相应的处罚措施。
特定领域（如水利领域）的相关管理规定：
- 以《水利工程质量管理规定》为例，第六十一条也明确规定了水利工程竣工验收后，项目法人未移交建设项目档案的，将依照《建设工程质量管理条例》第五十九条进行处罚。
二、违法行为的分类及处罚标准
根据违法行为的严重程度，处罚标准也有所不同：
轻微违法行为：
- 表现情形：如市政工程属于小型工程，或其他涉案工程面积20000平方米以下。
- 处罚标准：责令改正，处1万元以上4万元以下的罚款。
一般违法行为：
- 表现情形：如市政工程属于中型工程，或其他涉案工程面积20000平方米以上50000平方米以下。
- 处罚标准：责令改正，处4万元以上7万元以下的罚款。
严重违法行为：
- 表现情形：如市政工程属于大型工程，或其他涉案工程面积50000平方米以上，或造成严重危害后果。
- 处罚标准：责令改正，处7万元以上10万元以下的罚款。
三、行政处罚的程序及责任
对于项目档案未归档的违法行为，行政处罚机关将按照以下程序进行处理：
- 立案责任：对发现的违法行为进行审查，决定是否立案。
- 调查取证责任：指定专人负责，及时组织调查取证，搜集证据、现场了解核实情况等。
- 审查责任：对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，提出处理意见。
- 告知责任：作出行政处罚决定前，应制作《行政处罚告知书》送达当事人，告知违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
- 决定责任：作出处罚决定，制作行政处罚决定书，载明相关内容。
- 送达责任：将行政处罚决定书送达当事人。
- 执行责任：依照生效的行政处罚决定，自觉履行或强制执行。
四、对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员的处罚
根据《建设工程质量管理条例》第七十三条，依照本条例规定给予单位罚款处罚的，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
五、建议与提醒
为了避免项目档案未归档的违法行为及其带来的不良后果，建议建设单位或项目法人在项目竣工验收后，及时按照相关规定向建设行政主管部门或其他有关部门移交建设项目档案。这不仅是遵守法律法规的要求，也是保障项目后续管理、维护和升级的重要基础。
综上所述，项目档案未归档主要违反了《建设工程质量管理条例》及相关领域的管理规定，将面临责令改正和罚款等行政处罚。因此，建议相关单位和个人严格遵守相关规定，确保项目档案的及时归档和移交。