针对您提出的“背书回复同意签收了，票据怎么还在被背书人那里”的问题，这确实是一个涉及票据流转和背书法律效力的复杂情况。下面我将结合票据法的相关规定和实际操作中的常见情况，为您详细解答。
首先，我们需要明确背书在票据流转中的法律意义。背书是票据转让的一种重要方式，它意味着票据权利的转移。当一方在票据上背书并交付给另一方时，通常意味着票据权利已经从背书人转移到了被背书人。然而，背书后的票据流转并不总是那么直接和简单，特别是当涉及到多手背书或存在特殊约定时。
针对您的情况，虽然您已经回复同意签收了票据，但票据仍然在被背书人那里，这可能有以下几种原因：
背书流程未完成：背书并不仅仅是在票据上签字那么简单，它还需要完成交付等后续步骤。如果背书人虽然签了字，但并未实际将票据交付给被背书人，或者交付过程中出现了问题（如票据遗失、被拦截等），那么票据可能仍然留在背书人或中间环节。不过，从您的描述来看，这一点似乎不太可能，因为您已经回复同意签收了。
被背书人未行使权利：即使票据已经背书并交付给了被背书人，被背书人也可能因为各种原因（如暂时不需要使用票据、等待更好的兑付时机等）而选择不立即行使票据权利。在这种情况下，票据虽然法律上已经属于被背书人，但实际上可能仍然由被背书人保管或存放在某个地方。
存在特殊约定或纠纷：在票据流转过程中，双方可能存在某些特殊约定或后续发生了纠纷。例如，背书人可能在背书时附加了某些条件（尽管票据法规定背书不得附有条件，但实际操作中仍可能存在），或者被背书人在接收票据后发现了某些问题（如票据瑕疵、背书不连续等），导致双方对票据的归属或行使权利产生了争议。
操作失误或系统问题：在电子票据的情况下，还可能存在操作失误或系统问题导致票据状态显示异常。例如，背书人可能已经完成了背书操作，但由于系统延迟或错误，票据状态并未及时更新。
针对您的情况，我建议您采取以下步骤：
与被背书人沟通：首先，与被背书人进行直接沟通，了解票据的具体情况和他们的意图。询问他们是否已经收到票据、是否打算行使票据权利、是否存在任何问题或争议等。
检查背书流程：回顾整个背书流程，确保所有步骤都已经正确完成。包括背书签字、交付票据、确认接收等。如果可能的话，可以要求被背书人提供接收票据的确认函或相关证据。
咨询专业人士：如果沟通后仍然无法解决问题，或者存在复杂的法律纠纷，建议您咨询专业的法律人士或票据专家。他们可以根据具体情况提供针对性的建议和解决方案。
关注票据状态：如果是电子票据，还可以定期关注票据在系统中的状态更新。如果发现异常或长时间未更新，及时联系相关机构或平台进行处理。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。