结论：您与公司仅有协议且住院的情况下，具体处理方式需依据协议性质、内容以及住院原因来综合判断。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、协议性质与内容分析
协议类型：
- 首先，需要明确您与公司签订的是何种类型的协议。是劳动合同、劳务合同、合作协议还是其他类型的协议？不同类型的协议，其法律效果和双方的权利义务关系是不同的。
- 例如，如果是劳动合同，那么您与公司之间存在劳动关系，您有权享受劳动法规定的各项权益，包括医疗期、病假工资等。
协议内容：
- 仔细审查协议中关于员工生病、住院等情形的条款。协议中可能规定了在此类情况下公司的责任、您的权益以及双方应如何协商处理等。
- 如果协议中有明确规定，那么应按照协议内容执行。如果公司未按照协议履行义务，您可以依据协议向公司主张权利。
二、住院原因分析
因工受伤：
- 如果您是在工作过程中受伤导致住院，那么这可能构成工伤。根据《工伤保险条例》，您有权享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、停工留薪期工资、伤残补助等。
- 在此情况下，您应尽快向公司报告工伤情况，并按照公司或当地社保部门的要求进行工伤认定和申请工伤保险待遇。
非因工受伤：
- 如果您住院的原因与工作无关，如个人疾病或意外等，那么处理方式将取决于协议中的规定以及公司的相关政策。
- 如果协议或公司政策中有关于非因工受伤的待遇规定，如病假工资、医疗期等，那么您应按照这些规定享受相应待遇。
- 如果协议或公司政策中没有明确规定，您可以与公司协商，看是否能够达成一致意见。如果协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
三、建议与行动步骤
与公司沟通：
- 首先，建议您尽快与公司的人力资源部门或相关负责人沟通，说明您的情况，并询问公司对此类情形的处理方式和政策。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，尽量以书面形式（如邮件、短信等）留下沟通记录，以便后续维权。
审查协议与政策：
- 仔细审查您与公司签订的协议以及公司的相关政策文件，了解您在此类情况下的权益和义务。
- 如果发现协议或政策中有不明确或不合理的地方，您可以与公司协商修改或补充协议内容。
寻求法律帮助：
- 如果您与公司无法就住院期间的待遇问题达成一致意见，或者公司拒绝履行其应尽的义务，您可以考虑寻求法律帮助。
- 作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
四、可能面临的法律后果
- 如果您因公司未履行协议或相关政策而遭受损失，您有权要求公司承担相应的赔偿责任。
- 如果公司拒绝履行其应尽的义务，并且您通过法律途径维权成功，公司可能需要承担法律责任，包括支付赔偿金、履行义务等。
五、进一步思考
- 在未来的工作中，建议您在签订协议前仔细阅读并理解协议内容，特别是关于员工权益和公司责任的部分。
- 如果可能的话，您可以考虑与公司协商增加一些有利于员工的条款，如更完善的医疗保障、更长的医疗期等。
总之，您与公司仅有协议且住院的情况下，具体处理方式需依据协议性质、内容以及住院原因来综合判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。