住院期间公司与员工协商是合法的，但需满足一定条件。

1. 协商的合法性：

   • 根据《劳动合同法》等相关法律，公司可以与有病员工签订协议，包括医疗期薪资待遇、医疗期时长以及医疗期满后的工作安排等事项。这种协商是基于双方平等自愿、协商一致的基础上进行的，且协议内容不得违反法律法规的强制性规定。

2. 医疗期内的协商：

   • 在医疗期内，如果用人单位和劳动者双方都达成了一致意见，并且整个协商过程以及解除的程序都符合法律的规定，那么这种协商解除劳动关系是有效的。但需要注意的是，用人单位一般不可以随意解除劳动合同，除非劳动者出现了法定的过错情形。

3. 协议内容的要求：

   • 协商时，协议内容必须明确双方的权利和义务，如经济补偿的具体金额、社保的缴纳情况等。同时，协议内容还需符合法律的相关规定，如医疗期工资不得低于当地最低工资标准的80%。

4. 协商的注意事项：

   • 在进行协商时，双方应妥善保留好相关的证据，如协商过程中的录音、签订的书面协议等，以避免在后续可能出现的纠纷中处于不利的地位。

综上所述，住院期间公司与员工协商是合法的，但前提是双方必须平等自愿、协商一致，且协议内容不得违反法律法规的强制性规定。如果协商过程中存在任何违法或不当行为，劳动者有权要求继续履行劳动合同或获得经济赔偿金。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。