针对您提出的“网吧没申报二次装修开始营业，综合执法会如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实际案例为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，网吧在未进行二次装修申报的情况下擅自开始营业，这一行为可能违反了《互联网上网服务营业场所管理条例》的相关规定，特别是关于营业场所设立、变更及经营活动的规范。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“二次装修申报”，但装修后的营业场所若未经过相关部门的审核批准，可能被视为擅自改变经营条件或未经许可擅自营业。

处罚依据及可能措施：

1. 取缔与查封：

   • 根据《互联网上网服务营业场所管理条例》第二十七条，擅自从事互联网上网服务经营活动的，由文化行政部门或者由文化行政部门会同公安机关依法予以取缔，查封其从事违法经营活动的场所。

2. 扣押与没收：

   • 执法部门有权扣押从事违法经营活动的专用工具、设备，并没收违法所得。

3. 罚款：

   • 违法经营额1万元以上的，并处违法经营额5倍以上10倍以下的罚款；
   • 违法经营额不足1万元的，并处1万元以上5万元以下的罚款。
   • 在实际案例中，如南宁市文化广电和旅游局对武鸣金凤凰网咖的处罚，即使违法所得较少（如379元），也可能根据具体情况处以一定数额的罚款（如2000元），并没收违法所得。

4. 警告与责令改正：

   • 对于初次违法且情节较轻的，执法部门可能会给予警告，并责令立即改正违法行为。

具体处罚流程：

1. 执法检查：

   • 执法部门在接到举报或进行日常巡查时，发现网吧未申报二次装修即开始营业，将进行现场检查，并提取相关证据。

2. 立案调查：

   • 执法部门将依法立案调查，收集证据，确认违法事实。

3. 告知与听证：

   • 在作出行政处罚决定前，执法部门将告知当事人拟作出的处罚内容、事实、理由及依据，并告知其享有的陈述、申辩等权利。在必要时，还会组织听证。

4. 作出处罚决定：

   • 根据调查结果和当事人的陈述、申辩情况，执法部门将依法作出行政处罚决定。

5. 执行与复议/诉讼：

   • 当事人应在规定期限内履行处罚决定。如对处罚决定不服，可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：

• 及时申报：网吧在装修完成后，应及时向相关部门申报并办理相关手续，确保合法营业。
• 合规经营：严格遵守相关法律法规，确保经营活动的合法性和安全性。
• 积极配合：在执法部门进行检查时，应积极配合，提供必要的信息和证据，以便顺利解决问题。

综上所述，网吧未申报二次装修即开始营业，将可能面临取缔、查封、扣押、没收违法所得及罚款等处罚。因此，建议网吧在装修完成后及时申报并办理相关手续，确保合法合规经营。