结论：在建工案件中，若被告提出的抵扣未经法院认定，其通常有权另行提起诉讼，但需考虑诉讼时效、重复起诉等限制条件。以下从不同角度详细分析：

一、法律程序角度：另行诉讼的合法性

1. 诉权独立性
   根据《民事诉讼法》第122条，只要被告的抵扣主张符合起诉条件（如明确的被告、具体的诉讼请求、事实与理由等），即可另行起诉。法院未在前案中认定抵扣，不构成对被告诉权的剥夺，被告仍可通过新诉主张权利。

2. 重复起诉的例外
   若被告在前案中已明确提出抵扣抗辩，但法院未予处理（如因证据不足或程序瑕疵），根据《民事诉讼法司法解释》第247条，被告需证明新诉与前案“诉讼请求不同”或“事实理由有实质变化”，否则可能被认定为重复起诉而驳回。

二、实体权利角度：抵扣主张的时效性

1. 诉讼时效限制
   若抵扣主张涉及债权（如工程款、材料款等），需受《民法典》第188条规定的3年诉讼时效约束。若前案审理期间已超过时效，被告另行起诉时，对方可能提出时效抗辩，导致抵扣主张被驳回。

2. 抵销权的行使
   若抵扣主张基于《民法典》第568条的法定抵销权（如双方互负债务），被告需在诉讼中明确提出抵销请求，并提交证据证明债务到期、种类相同且无争议。若前案未处理，被告可在新诉中主张，但需注意抵销权行使的及时性，避免因对方破产或债务消灭丧失权利。

三、实践操作角度：另行诉讼的策略建议

1. 证据固定与补充
   被告需在前案中尽可能提交抵扣相关的证据（如合同、付款凭证、验收单等），即使法院未认定，也可作为新诉的证据基础。若前案证据不足，需在新诉中补充完善，避免因证据瑕疵败诉。

2. 与前案的衔接处理
   若被告拟另行起诉，建议在前案判决后及时行动，避免因前案生效判决的既判力影响新诉。同时，可在新诉中申请法院调取前案卷宗，以证明抵扣主张已在前案中提出但未获处理。

3. 诉讼风险评估
   被告需评估另行诉讼的成本（如时间、费用）与收益（如抵扣金额）。若抵扣金额较小或证据薄弱，可考虑通过和解、调解等方式解决争议，降低诉讼风险。

四、特殊情形：抵扣主张与前案的关联性

1. 反诉的适用
   若被告在前案中未提出抵扣抗辩，但发现对方起诉的标的与自身抵扣主张存在关联（如工程款与质量赔偿抵扣），可在前案答辩期内提出反诉，将抵扣主张纳入前案审理范围，避免另行诉讼。

2. 执行阶段的抵扣
   若前案已进入执行阶段，被告可根据《民事诉讼法》第232条提出执行异议，主张以其他债权抵扣执行款。但此方式需以法院生效判决确认的债权为前提，未经认定的抵扣主张难以直接适用。

总结：被告在前案中未获认定的抵扣主张，原则上可通过另行诉讼主张权利，但需注意诉讼时效、重复起诉、证据补充等限制条件。建议被告根据具体情况评估风险，选择最有效的争议解决方式。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。