专利代理人证被原单位扣留是违法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。
首先，专利代理人证是专利代理人的执业证书，属于个人所有，单位无权扣留。根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，员工离职时，单位应当归还员工的个人证件和物品，不得无故扣留。
其次，如果原单位扣留你的专利代理人证，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与单位协商：首先尝试与单位进行沟通，要求单位归还你的专利代理人证。这是最直接且成本较低的解决方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入处理。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查，并责令单位改正。
提起劳动仲裁或诉讼：如果上述方式均无法解决问题，你可以考虑提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。在仲裁或诉讼过程中，你可以要求单位归还专利代理人证，并赔偿因此给你造成的经济损失和精神损害。
最后，我想提醒你的是，如果原单位扣留你的专利代理人证，不仅违反了法律法规，也侵犯了你的合法权益。你有权采取法律手段来维护自己的权益，不要因害怕或麻烦而选择放弃。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。