代理机构扣押专利证书是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 专利证书的所有权与保管

1. 所有权归属：专利证书是专利权人享有专利权的凭证，其所有权归属于专利权人。代理机构作为服务提供者，无权扣押或留置专利证书。

2. 保管责任：在代理过程中，代理机构负有妥善保管专利证书的义务，确保其在代理活动结束后能够完整、及时地交还给专利权人。

二. 扣押专利证书的法律后果

1. 违反合同约定：如果代理机构与专利权人之间签订了代理合同，且合同中明确规定了代理机构应按时交还专利证书，那么扣押专利证书将构成对合同的违约，代理机构需承担相应的违约责任。

2. 侵犯财产权：扣押专利证书实际上侵犯了专利权人的财产权。专利权人有权要求代理机构立即返还专利证书，并有权要求赔偿因此造成的损失。

3. 行政处罚：根据《专利代理条例》及相关规定，代理机构存在违法行为的，管理专利工作的部门有权对其给予警告、罚款等行政处罚。扣押专利证书作为一种违法行为，很可能导致代理机构受到相应的行政处罚。

三. 法律建议

1. 立即返还：如果代理机构扣押了专利证书，应立即返还给专利权人，以避免进一步的法律纠纷。

2. 协商解决：如果双方之间存在争议，应通过协商或法律途径解决，而不是通过扣押专利证书来施加压力。

3. 加强监管：管理专利工作的部门应加强对代理机构的监管，确保其依法合规经营，维护专利代理市场的良好秩序。

我建议，如果代理机构扣押了您的专利证书，您应首先尝试与其协商解决。如果协商无果，您可以向管理专利工作的部门投诉，或者寻求法律途径来维护您的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。