结论：一个个体户营业执照开了两家网店，若均被告商标侵权，理论上可以被立案起诉两次，但具体是否会被分别立案起诉，需结合实际情况判断。

分析说明：

1. 商标侵权的独立性：

   • 商标侵权行为是独立的，即每一个独立的侵权行为都可能构成一次独立的法律责任。因此，如果个体户开设的两家网店分别实施了商标侵权行为，且这些行为是独立的、不重叠的，那么理论上，权利人可以针对每一家网店的侵权行为分别提起诉讼。

2. 诉讼主体的考量：

   • 在实际操作中，权利人可能会选择将两家网店作为共同被告提起诉讼，特别是如果这两家网店在侵权行为上存在关联或共同点，如使用相同的侵权标识、销售相同的侵权商品等。然而，这并不意味着不能分别起诉，权利人仍有权选择分别针对每一家网店提起诉讼。

3. 法院的立案审查：

   • 法院在受理商标侵权诉讼时，会进行立案审查，包括审查原告的起诉是否符合法定条件、被告是否明确、诉讼请求是否具体等。如果权利人分别针对两家网店提起诉讼，且每起诉讼都符合立案条件，那么法院通常会分别立案受理。

4. 实际操作的建议：

   • 对于个体户而言，如果面临商标侵权诉讼，应积极应对，及时咨询专业律师，了解自身的法律权利和义务。同时，应审查自身的经营行为，确保不侵犯他人的商标权，避免不必要的法律纠纷。
   • 如果权利人选择分别起诉，个体户应分别准备应诉材料，针对每起诉讼进行独立的答辩和辩护。如果权利人选择共同起诉，个体户则应准备全面的应诉策略，以应对可能涉及的多个侵权指控。

后续行动建议：

• 如果您作为个体户开设了两家网店，并收到了商标侵权的起诉通知，建议您立即咨询专业律师，了解具体的法律情况和应对策略。
• 同时，您应审查自身的经营行为，确保不侵犯他人的商标权，包括但不限于停止使用侵权标识、停止销售侵权商品等。
• 如果您认为起诉存在不实之处或存在其他争议点，您可以在律师的指导下准备应诉材料，积极维护自身的合法权益。

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