店铺营业执照注销后，仍然可以起诉侵权，但具体情形需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 诉讼主体资格问题：

   • 一般原则：根据《民事诉讼法》的相关规定，起诉的原告应当是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织。店铺营业执照注销后，其作为市场主体的资格已经消灭，原则上不再具备诉讼主体资格。
   • 例外情形：如果店铺注销后，其权利义务由其他主体承继（如股东、合伙人或清算组等），则这些承继主体可以作为原告提起诉讼。例如，在店铺清算过程中，如果发现存在未了结的侵权纠纷，清算组有权代表店铺提起诉讼。

2. 侵权行为的持续性：

   • 侵权行为发生在注销前：如果侵权行为发生在店铺注销前，且侵权后果在注销后仍然持续存在（如持续销售侵权产品、持续使用侵权商标等），则原店铺的权利义务承继者有权就注销前的侵权行为提起诉讼。
   • 侵权行为发生在注销后：如果侵权行为发生在店铺注销后，由于此时店铺已不具备市场主体资格，其无法成为侵权行为的主体。但如果是原店铺的股东、员工等以个人名义实施侵权行为，则权利人可以直接起诉这些个人。

3. 诉讼时效问题：

   • 诉讼时效的起算：根据《民法典》的相关规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，即使店铺已经注销，只要权利人在诉讼时效期间内发现侵权行为并提起诉讼，法院仍然会受理。
   • 诉讼时效的中断与延长：在诉讼过程中，如果存在诉讼时效中断或延长的法定情形（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），则诉讼时效可以重新计算或延长。

4. 实际操作建议：

   • 收集证据：在提起诉讼前，权利人应尽可能收集与侵权行为相关的证据，如侵权产品、销售记录、广告宣传等，以证明侵权行为的存在和损害后果。
   • 确定被告：根据侵权行为的实际情况，确定合适的被告。如果侵权行为是由原店铺的股东、员工等实施的，则应将这些个人作为被告；如果侵权行为是由其他市场主体实施的，则应将该市场主体作为被告。
   • 咨询专业律师：由于侵权诉讼涉及复杂的法律问题和证据收集工作，建议权利人在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和操作指导。

总结：店铺营业执照注销后，仍然可以起诉侵权，但需根据具体情况判断诉讼主体资格、侵权行为的持续性以及诉讼时效等问题。在实际操作中，建议权利人收集充分证据、确定合适的被告，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。