法院认可还款协议的效力，并不取决于协议在债权人还是债务人手中，而是取决于协议本身的真实性、合法性以及双方当事人的真实意思表示。以下从几个方面进行详细分析：
协议的真实性与合法性：
- 还款协议作为法律文件，其真实性是法院认可的基础。无论协议是一式两份、三份还是更多份，只要每一份都是双方真实意思的表示，且内容合法，法院都会认可其效力。
- 合法性方面，还款协议必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗，不得损害国家、集体或第三人的利益。
双方当事人的真实意思表示：
- 还款协议是双方当事人就债务偿还事宜达成的合意，因此必须体现双方的真实意思表示。如果协议是在欺诈、胁迫或乘人之危的情况下签订的，那么该协议可能被法院认定为无效或可撤销。
- 在这种情况下，无论协议在债权人还是债务人手中，法院都不会认可其效力，因为这不是双方真实意思的表示。
协议份数与法院认可的关系：
- 还款协议一式三份，通常是为了方便双方当事人各执一份，以及可能需要的第三方（如见证人、公证机构等）留存一份。但这并不意味着法院只会认可其中某一份的效力。
- 实际上，只要协议内容一致，且每一份都是双方真实意思的表示，那么无论哪一份在法院面前，都会得到认可。法院会审查协议的内容，而不是仅仅看它在哪一方手中。
实际操作中的建议：
- 为了确保还款协议的效力，双方当事人在签订协议时，应当确保协议内容真实、合法，且体现双方的真实意思表示。
- 同时，建议双方当事人在签订协议后，各自妥善保管好自己的那份协议，以备不时之需。如果发生纠纷，协议是证明双方权利义务关系的重要证据。
总结来说，法院认可还款协议的效力，并不取决于协议在谁手中，而是取决于协议本身的真实性、合法性以及双方当事人的真实意思表示。因此，无论您是债权人还是债务人，只要您手中的还款协议是真实、合法的，且体现了双方的真实意思表示，那么它就会得到法院的认可。如果您在还款协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。