在申请劳动能力鉴定时，若工资已按时发放，是否需要勾选停工留薪期，这主要取决于您是否仍处于停工留薪期内以及具体的地方规定和实际操作流程，但通常情况下，若已处于劳动能力鉴定阶段，往往意味着停工留薪期已结束或即将结束，此时一般无需特别勾选停工留薪期，不过具体还需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、停工留薪期的定义与期限
停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或患职业病而需要暂停工作接受治疗的时期，期间原工资、薪水、福利、保险等待遇不变。根据《工伤保险条例》的规定，停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况下经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认可适当延长，但延长期限同样不得超过12个月。
二、劳动能力鉴定与停工留薪期的关系
一般情况：
- 劳动能力鉴定结果出来后，若确定了职工的伤残等级，通常意味着停工留薪期结束，职工开始享受相应的伤残待遇。因此，在申请劳动能力鉴定时，如果已经处于或即将结束停工留薪期，那么无需特别勾选停工留薪期。
特殊情况：
- 旧伤复发：若工伤职工旧伤复发且确认需要治疗，根据《工伤保险条例》相关规定，其可享受包括停工留薪期待遇在内的工伤待遇。即，在治疗期间，职工可重新进入停工留薪期。但这种情况在申请劳动能力鉴定时较为少见，且需要医疗机构出具相关证明。
- 需要继续治疗或康复：即使劳动能力鉴定结果显示员工已恢复一定劳动能力，但若医疗机构建议或劳动能力鉴定委员会确认仍需继续治疗或康复且无法工作，停工留薪期可能会得到延长。但这种情况同样需要经过相关部门的批准，并在申请劳动能力鉴定时提供相应证明。
三、实际操作建议
- 了解地方规定：不同地区的具体规定可能存在差异，因此在申请劳动能力鉴定时，建议先咨询当地劳动部门或查阅相关政策文件，了解具体的操作流程和要求。
- 准备相关材料：在申请劳动能力鉴定时，应准备好工伤认定决定书、医疗证明、休假证明等相关材料，以便在需要时证明自己的停工留薪期情况。
- 如实填写申请表：在填写劳动能力鉴定申请表时，应如实填写自己的相关信息和情况，包括是否处于停工留薪期内等。如果确实处于停工留薪期内且需要延长，应在申请表中明确说明并附上相关证明材料。
四、法律后果与权益保障
- 如果因未正确勾选停工留薪期而导致权益受损，工伤职工有权通过法律途径维护自己的合法权益。这包括但不限于向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。
- 在整个过程中，工伤职工应保留好相关证据材料，如医疗证明、休假证明、工资单等，以便在需要时证明自己的权益。
总结来说，在申请劳动能力鉴定时，是否需要勾选停工留薪期取决于具体情况。如果已处于或即将结束停工留薪期，则无需特别勾选；如果存在特殊情况需要延长停工留薪期，则应在申请表中明确说明并附上相关证明材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。