行政复议超过60天后，复议机关一般不可以同意撤回申请，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、行政复议申请撤回的一般规定
根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，行政复议申请可以在复议机关作出复议决定前撤回。然而，这一撤回申请的行为通常需要在法定的复议期限内进行，即一般是在申请人提出行政复议申请后的60日内（特殊情况下可延长至90日）。在复议期限内，申请人有权撤回其复议申请，复议机关在审查后，如果认为撤回申请不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的，应当准予撤回，并终止复议程序。
二、超过60天后撤回申请的特殊情况
复议机关尚未作出复议决定：
- 如果行政复议申请已经超过了60日的法定期限，但复议机关尚未作出复议决定，此时申请人原则上不能直接撤回申请。因为复议期限的设定是为了保障行政复议的效率和公正性，超过期限后，复议机关可能已经对案件进行了深入的审查和调查，此时撤回申请可能会影响复议程序的正常进行。
- 但存在例外：如果复议机关认为撤回申请符合法律规定，且不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的，可以同意撤回。不过，这种情况较为罕见，且需要复议机关进行严格的审查。
复议机关已经作出复议决定：
- 如果复议机关已经作出了复议决定，那么申请人就无法再撤回其复议申请了。因为复议决定已经对原行政行为进行了审查并作出了判断，此时撤回申请已经没有实际意义。
三、法律建议
及时行使权利：
- 申请人应当在法定的复议期限内及时行使撤回申请的权利，以免错过时机。如果确实需要撤回申请，应当尽早向复议机关提出，并说明撤回的理由和依据。
咨询专业律师（此处在本回答中调整为直接向我咨询）：
- 如果对行政复议程序或撤回申请的相关规定存在疑问，可以直接向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
遵守复议程序：
- 无论是否撤回申请，申请人都应当遵守复议程序的规定，配合复议机关的审查和调查工作。如果撤回申请被拒绝或复议决定不利，申请人还可以依法寻求其他法律救济途径。