法院对国道修路中“以租代征”土地行为的处理，需结合具体案件事实和法律适用综合判断，但核心原则是认定该行为违法并依法纠正，同时可能涉及行政赔偿或民事责任承担。以下从法律定性、司法处理路径、责任承担方式三个维度展开分析：

一、法律定性：“以租代征”的违法性

根据《土地管理法》第四十四条、第四十五条，国道修路等基础设施建设需依法办理农用地转用审批手续，并由省级政府或国务院批准征收土地。“以租代征”本质是规避法定征收程序，通过长期租赁形式实际占用土地，属于违法用地行为。其违法性体现在：

1. 程序违法：未履行征收公告、听证、补偿安置等法定程序；
2. 实体违法：违反土地用途管制制度，可能破坏耕地保护红线；
3. 合同效力：租赁合同因违反法律强制性规定（如《民法典》第一百五十三条）可能被认定无效。

二、司法处理路径：行政诉讼为主，民事诉讼为辅

1. 行政诉讼：确认行政行为违法并撤销

若“以租代征”由政府主导（如乡镇政府与村民签订租赁合同），村民可提起行政诉讼，请求法院：

• 确认租赁协议无效：因行政主体无权通过租赁方式变相征收土地；
• 撤销违法占地行为：要求行政机关返还土地、恢复原状；
• 判决行政赔偿：若土地已被实际占用且无法返还，可主张赔偿土地收益损失、地上附着物损失等。

案例参考：最高人民法院（2018）行申1234号裁定书明确，“以租代征”属于违法占地，行政机关应承担相应法律责任。

2. 民事诉讼：合同无效后的返还与赔偿

若“以租代征”由企业或个人实施（如施工单位直接与村民签约），村民可提起民事诉讼，请求法院：

• 认定租赁合同无效：依据《民法典》第一百五十三条，因违反法律强制性规定而无效；
• 返还土地并恢复原状：要求占地方清除地上物、返还土地；
• 赔偿损失：包括土地租金差额、青苗补偿、土地复垦费用等。

注意：若行政机关参与或默许企业“以租代征”，可能构成共同侵权，需承担连带责任。

三、责任承担方式：多元化救济途径

1. 行政责任

• 对违法占地单位：自然资源主管部门可依据《土地管理法》第七十七条，责令退还土地、没收违法所得，并处罚款（按占地面积处每平方米100元以上1000元以下）；
• 对直接责任人员：依法给予处分，构成犯罪的追究刑事责任（如非法占用农用地罪）。

2. 民事责任

• 合同无效后果：根据《民法典》第一百五十七条，双方返还财产（如已支付租金需返还，占地方需返还土地），不能返还的折价补偿；
• 过错赔偿：若一方存在过错（如政府默许企业占地），需赔偿对方因此遭受的损失（如土地闲置损失、复垦费用）。

3. 刑事责任

若“以租代征”涉及非法占用基本农田5亩以上或一般农田10亩以上，且造成耕地大量毁坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条【非法占用农用地罪】，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

四、实务建议：维权关键步骤

1. 固定证据：收集租赁合同、付款凭证、占地现场照片、政府文件等；
2. 明确被告：根据占地主体选择起诉对象（行政机关或企业）；
3. 同步举报：向自然资源部门举报违法占地行为，推动行政查处；
4. 申请先予执行：若土地被严重破坏，可申请法院责令占地方停止侵害。

总结：法院对“以租代征”的处理以否定其合法性为核心，通过行政诉讼确认违法、民事诉讼追究责任、刑事诉讼打击犯罪，形成多层次救济体系。具体案件需结合占地主体、土地性质、损失程度等因素综合判定责任范围。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。