在施工合同纠纷中，若发包方对施工方提供的延期报告有异议，通常是由发包方申请鉴定，但具体情形需结合合同约定及实际情况判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定优先原则
合同中有明确约定：如果施工合同中明确规定了关于工期延期报告的异议处理方式，包括鉴定申请的主体、程序、时间等，那么应当优先遵循合同约定。例如，合同可能规定“若发包方对施工方提交的延期报告有异议，应在收到报告后XX日内提出书面异议，并申请第三方鉴定机构进行鉴定”。在此情况下，发包方需按照合同约定申请鉴定。
合同无明确约定：若施工合同中未对工期延期报告的异议处理方式作出明确规定，则需依据相关法律法规及行业惯例进行判断。
二、法律法规及行业惯例
法律法规：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。虽然这一条款并未直接涉及延期报告的鉴定问题，但体现了在合同纠纷中，证据的重要性以及当事人有责任提供证据支持其主张的原则。在工期延期的情况下，若发包方对施工方提供的延期报告有异议，且双方无法协商一致，发包方作为质疑方，通常有责任申请鉴定以证明其异议的合理性。
行业惯例：在建设工程领域，工期延期是一个常见的问题。为了公平、公正地解决纠纷，行业惯例往往倾向于由提出异议的一方（即发包方）承担举证责任，包括申请鉴定。这是因为施工方已经提供了延期报告作为其主张的依据，而发包方若要反驳这一主张，就需要提供相反的证据或申请鉴定来支持其异议。
三、实际操作建议
发包方：若对施工方提供的延期报告有异议，发包方应及时提出书面异议，并考虑申请第三方鉴定机构进行鉴定。在申请鉴定时，发包方应选择具有相应资质和经验的鉴定机构，并确保鉴定过程公开、透明、公正。同时，发包方还应准备好相关证据材料，以便在鉴定过程中支持其异议。
施工方：面对发包方的异议和可能的鉴定申请，施工方应积极配合鉴定工作，提供必要的协助和资料。同时，施工方也可以准备自己的证据材料，以反驳发包方的异议或支持其延期报告的合理性。若鉴定结果对施工方不利，施工方还可以考虑通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。
总结来说，在施工合同纠纷中，若发包方对施工方提供的延期报告有异议，通常是由发包方申请鉴定。但具体情形还需结合合同约定及实际情况进行判断。若您在此方面遇到法律问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。