无房产证只有购房合同的房屋，在特定法律条件下，确实有可能被法院查封。这一结论主要基于以下几个方面的法律分析和实际应用考量：
一、法律依据
《民事诉讼法》的相关规定：
- 根据《民事诉讼法》第一百零六条，人民法院在采取保全措施时，可以采取查封等方法，并在保全财产后立即通知被保全财产的人。这表明，在可能因当事人行为或其他原因使判决难以执行或造成损害的情况下，房屋即使没有房产证，也可能被视为需要保全的财产。
- 第二百五十五条进一步规定，被执行人未按执行通知履行义务时，人民法院有权查封其财产，包括预期可获得的财产权益。因此，即使房屋未办理房产证，但属于被执行人应当履行义务部分的财产，法院也有权查封。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》：
- 该规定第二条明确指出，未登记的建筑物和土地使用权，依据土地使用权的审批文件和其他相关证据确定权属后，可被纳入查封范围。这意味着，即使房屋未办理房产证，但有足够证据证明其属于被执行人的财产，法院仍可查封。
- 同时，对于第三人占有的或登记在第三人名下的财产，如果第三人书面确认属于被执行人，同样可以被查封。
《民法典》的相关规定：
- 虽然《民法典》第二百零九条规定不动产物权需经登记才发生效力，但第二百一十五条同时指出，未办理物权登记不影响购房合同的效力。购房合同作为债权合同，赋予购房者要求开发商履行交付房屋并协助办理产权登记的权利，这种基于合同的权益具有财产价值，可作为执行标的。
二、查封的可能性及条件
购房合同的有效性：
- 如果购房合同合法有效，且购房者已支付全部或部分房款，那么购房者对该房屋享有一定的权益。在符合一定条件下，这种权益可能被法院视为可执行的财产。
被执行人的债务情况：
- 若购房者作为被执行人，其名下无其他可供执行的财产，而该房屋又是其主要的居住或投资资产，法院可能会考虑查封该房屋以清偿债务。
法院的审查与判断：
- 法院在决定是否查封时，会综合考虑购房合同的履行情况、购房者的付款情况、房屋的实际占有和使用情况等因素。如果法院认为查封该房屋有助于实现债权人的合法权益，且不违反法律法规的强制性规定，那么就有可能作出查封的决定。
三、查封的影响及后续处理
对购房者的影响：
- 一旦房屋被查封，购房者将无法继续办理房产证等相关手续，也无法自由处分该房屋。此外，查封还可能影响购房者的信用记录和生活质量。
后续处理：
- 购房者可以通过提出异议、申请复议或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。同时，也可以积极与债权人协商还款计划，以避免房屋被拍卖或变卖。
总结来说，无房产证只有购房合同的房屋在特定情况下是可能会被法院查封的。这要求购房者在购买房屋时务必关注房屋的权属状况，并妥善保管好购房合同及相关证据材料。如果房屋被查封，购房者应积极了解查封的原因和法律依据，并根据自身情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。