核心结论：若之前的员工手册程序不合法，企业需根据具体情况采取补救措施，包括修订手册、履行法定程序、告知员工并处理历史遗留问题，以降低法律风险。以下是具体分析：

1. 程序不合法的常见情形

员工手册程序不合法通常指制定或修改过程中未履行法定民主程序（如未与工会或职工代表协商）、未公示或未送达员工、内容违反法律法规等。例如：

• 未通过职工代表大会讨论；
• 未向员工公示或签字确认；
• 包含“迟到一次扣三天工资”等违法条款。

2. 企业应采取的补救措施

（1）立即修订员工手册

• 内容合法性审查：删除或修改违反《劳动合同法》《劳动法》的条款（如罚款、强制加班等）。
• 履行民主程序：重新与工会或职工代表协商，保留会议记录、签字文件等证据。
• 公示与送达：通过培训、签字、邮件、内部系统等方式确保员工知悉，并留存凭证。

（2）处理历史遗留问题

• 对已执行的违法条款：若因程序不合法导致员工权益受损（如违法罚款），需退还罚款或补偿损失。
• 对已解除的劳动合同：若解除依据是违法条款，可能面临违法解除赔偿（2N），需评估风险并协商解决。

（3）完善未来合规流程

• 建立制度修订机制：定期审查员工手册，确保与最新法律法规同步。
• 留存程序证据：每次修订均保留协商记录、公示证明、员工确认文件等，避免举证不能。

3. 法律风险警示

• 行政处罚：劳动行政部门可能责令改正，拒不改正的将面临罚款（《劳动保障监察条例》第30条）。
• 劳动仲裁/诉讼：员工可主张手册无效，要求撤销基于手册的处罚或解除合同，企业可能承担败诉风险。
• 集体争议风险：若程序违法涉及多数员工，可能引发集体劳动争议，增加企业应对成本。

4. 操作建议

• 自查自纠：立即梳理员工手册制定流程，标记程序瑕疵点。
• 分步整改：优先修订核心违法条款，再逐步完善其他内容。
• 员工沟通：通过书面通知或会议说明修订原因，避免员工误解。

示例：若手册中规定“员工离职需支付违约金”，因违反《劳动合同法》第25条（仅允许服务期/竞业限制违约金），企业需删除该条款，并通过培训告知员工，同时退还已收取的违法违约金。

如有具体条款或案例需要分析，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步方案。