结论：政府部门签订的招商协商协议作为行政协议，是可以在协议中约定政府的违约责任的。以下是对此问题的详细分析：

1. 行政协议的性质与特点：

   • 行政协议，也称为行政合同，是行政机关为实现公共利益或者行政管理目标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。
   • 行政协议既具有行政性，又具有合同性。行政性体现在协议的一方是行政机关，且协议的目的是为了实现公共利益或行政管理目标；合同性则体现在协议双方地位平等，且协议内容遵循意思自治原则。

2. 行政协议中约定违约责任的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。虽然行政协议具有行政性，但其合同性部分仍受民法典的调整。
   • 在行政协议中，双方可以约定违约责任，这是合同自由原则的体现。只要违约责任的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。

3. 行政协议中约定违约责任的意义：

   • 约定违约责任可以明确双方的权利义务，增强协议的约束力和执行力。
   • 当一方违约时，另一方可以依据协议中的违约责任条款要求违约方承担相应的法律责任，从而维护自己的合法权益。
   • 约定违约责任也有助于促进政府诚信建设，提高政府公信力。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在签订行政协议时，双方应充分协商，明确约定违约责任的具体内容和承担方式。
   • 违约责任的约定应合理、合法，避免过于苛刻或显失公平。
   • 当一方违约时，另一方应及时采取措施，依据协议中的违约责任条款维护自己的权益。

建议：在签订招商协商协议时，政府部门和相对方应充分协商，明确约定违约责任的具体内容和承担方式，以确保协议的合法性和有效性。如果在实际操作中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。