公司账上直接发工资是否合法，需分情况讨论：

1. 公司合法经营且规范操作
   若公司依法设立、正常经营，且通过公司账户（如基本户或一般户）向员工发放工资，同时履行了代扣代缴个人所得税、缴纳社保等法定义务，这种操作完全合法。这是最常见的工资发放方式，符合《劳动法》《劳动合同法》及《个人所得税法》的要求。

2. 公司账外发放工资（如通过个人账户或现金）
   若公司未通过公司账户，而是通过法定代表人、股东或其他个人账户发放工资，或直接以现金形式支付，可能涉及违法风险：

   • 税务风险：公司可能未如实申报员工收入，逃避个人所得税代扣代缴义务，违反《税收征收管理法》，面临罚款甚至刑事责任。
     
   • 劳动纠纷风险：若公司未留存工资发放记录（如银行流水），员工可能主张未足额支付工资，公司需承担举证责任，否则可能败诉。
     
   • 社保风险：工资基数与社保缴费基数挂钩，账外发放可能导致社保缴费不足，违反《社会保险法》，需补缴并缴纳滞纳金。

3. 特殊情况：临时用工或非全日制员工
   若员工为非全日制、退休返聘或兼职人员，公司仍需通过公司账户发放报酬，但税务处理可能不同（如按劳务报酬计税）。即使如此，账外发放仍可能被认定为偷逃税款。

法律建议：

• 对员工：若公司未通过公司账户发工资，可要求公司补发工资条、保留收入证据（如转账记录、现金收据），并向税务部门举报公司偷税行为。
  
• 对公司：务必通过公司账户发放工资，并完善工资台账（含发放时间、金额、签字确认等），避免因操作不规范引发纠纷或行政处罚。
  

典型案例参考：
某公司因长期通过个人账户发放工资，被税务机关查处后补缴税款及罚款共计50余万元，同时因无法证明工资已足额支付，在劳动仲裁中败诉，需向员工支付经济补偿金。

如有具体操作细节或纠纷，可直接向我咨询，我会结合实际情况进一步分析。