结论：事业编制人员因扣工资问题提起诉讼，案由确实可以确定为劳动争议。以下是对此问题的详细分析：
一、事业编制人员与单位的关系性质
事业编制人员与单位之间建立的是劳动关系，这一点与私营企业员工与单位的关系在本质上是一致的。尽管事业编制可能涉及一些特定的管理规定和福利待遇，但这并不改变其劳动关系的本质。因此，当事业编制人员的工资被扣时，他们有权依据劳动法律法规来维护自己的合法权益。
二、劳动争议的定义与范围
劳动争议是指劳动者与用人单位之间因劳动权利和义务而发生的纠纷。这包括但不限于工资支付、工作时间、休息休假、社会保险、福利待遇等方面的争议。在事业编制人员扣工资的情况下，这显然属于劳动争议的范畴，因为工资是劳动者劳动报酬的主要组成部分，直接关系到劳动者的切身利益。
三、事业编制人员扣工资起诉的法律依据
《中华人民共和国劳动法》：该法规定了劳动者的基本权利和义务，以及用人单位应当遵守的劳动管理规定。其中，关于工资支付的规定是劳动者维护自己工资权益的重要依据。
《中华人民共和国劳动合同法》：该法进一步明确了劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等方面的规定，以及用人单位和劳动者在劳动合同履行过程中的权利和义务。当事业编制人员的工资被扣时，他们可以依据该法来维护自己的合法权益。
相关地方性法规和政策：除了国家层面的法律法规外，各地还可能出台了一些针对事业编制人员的特定管理规定和政策。这些规定和政策也可能涉及到工资支付、福利待遇等方面的问题，为事业编制人员提供了更多的维权依据。
四、起诉流程与注意事项
收集证据：在提起诉讼前，事业编制人员需要收集相关证据来证明自己的工资被扣的事实以及扣工资的原因。这些证据可能包括工资条、银行转账记录、单位通知或公告等。
咨询律师：在提起诉讼前，建议事业编制人员咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。律师可以根据具体情况为事业编制人员提供法律建议和指导，帮助他们更好地维护自己的合法权益。
提起诉讼：在收集到足够证据并咨询律师后，事业编制人员可以向当地劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，他们需要按照法律程序进行陈述和辩论，并提供相关证据来支持自己的主张。
注意诉讼时效：根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，事业编制人员在发现自己的工资被扣后，应及时提起诉讼或申请仲裁，以免错过诉讼时效而无法维护自己的合法权益。
建议：如果您是事业编制人员且遇到了扣工资的问题，不要犹豫，直接向我咨询。我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议和指导，帮助您更好地维护自己的合法权益。