工资扣下当奖金和效益发放是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、劳动合同约定角度

1. 合法情况：

   • 若劳动合同中明确规定了公司可根据经营状况、员工表现等因素，将部分工资以奖金形式发放，并且这种约定未违反法律强制性规定，公司按约执行是合法的。例如，合同中清晰列明了工资构成包含基本工资和绩效奖金，并明确了绩效奖金的发放条件和标准，公司在员工满足条件后发放奖金，即符合合同约定。

2. 不合法情况：

   • 若劳动合同已明确工资的具体数额和支付方式，公司未经员工同意擅自更改，将部分工资转为奖金发放，则违反了合同约定，属不合法行为。例如，合同约定月工资为固定数额，公司却单方面将其中的一部分作为奖金发放，即构成了对合同的违约。

二、法律规定角度

1. 合法情况：

   • 根据《关于工资总额组成的规定》，奖金是工资的一种组成形式。只要企业发放的工资总额不低于当地最低工资标准，且计算方式和发放周期明确合理，将部分工资以奖金形式发放并不违法。例如，企业制定了合理的奖金考核制度，根据员工的工作表现和业绩发放奖金，且奖金与工资的比例相对稳定，这种做法即符合法律规定。

2. 不合法情况：

   • 若企业通过发放奖金的方式故意降低员工的基本工资，导致基本工资低于当地最低工资标准，则属于违法行为。例如，某地最低工资标准为2000元，但企业为了降低成本，将员工基本工资设为1500元，其余以奖金形式发放，且奖金具有不确定性，这种做法即违反了最低工资标准的规定。
   • 另外，若企业扣除工资作为奖金发放的行为违反了《工资支付暂行规定》中关于不得克扣或无故拖欠工资的规定，也属于不合法行为。例如，企业以不合理的理由扣除员工工资作为奖金，或者扣除的金额超过了法定标准（如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），均属于违法行为。

三、企业管理角度

1. 合法情况：

   • 企业为了激励员工提高工作效率和质量，根据员工的工作表现和业绩，将部分工资作为奖金发放，这种做法在合理范围内是合法的。例如，企业制定了明确的绩效考核制度，根据考核结果发放奖金，对表现优秀的员工给予更高奖励，这种激励措施有助于提升企业的经济效益和竞争力。

2. 不合法情况：

   • 若企业将工资当奖金发放是为了逃避法律责任，如降低社会保险费、公积金等缴纳基数，则属于违法行为。因为社保和公积金的缴纳基数是根据员工工资总额确定的，企业通过改变工资结构来降低缴纳基数，损害了员工的合法权益。

法律建议

• 对于员工：若发现公司存在将工资扣下当奖金和效益发放且违反上述合法情形的情况，应首先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
• 对于公司：在实施将工资扣下当奖金和效益发放的做法时，应确保符合劳动合同约定、法律规定以及企业管理要求，避免因此引发劳动争议和法律风险。

综上所述，工资扣下当奖金和效益发放是否合法需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。