结论：公司有清真认证产品且产品合格，但原料并非真正清真，是否构成刑事责任，需根据具体情况判断，可能涉及生产、销售伪劣产品罪或诈骗罪等，也可能不构成刑事责任，仅承担民事或行政责任。以下为详细分析：

一、可能构成刑事责任的情况

1. 生产、销售伪劣产品罪：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第一百四十条，生产者、销售者在产品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好或者以不合格产品冒充合格产品，销售金额达一定数额的，构成生产、销售伪劣产品罪。
   • 应用分析：若公司故意使用非清真原料生产清真认证产品，并以此冒充真正的清真产品进行销售，且销售金额达到刑事立案标准，则可能构成生产、销售伪劣产品罪。

2. 诈骗罪：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物，数额较大的，构成诈骗罪。
   • 应用分析：若公司通过虚假宣传，使消费者误信其产品为真正的清真产品，并因此支付了更高的价格，且公司从中获取了非法利益，数额较大的，则可能构成诈骗罪。

二、可能不构成刑事责任的情况

1. 无故意或重大过失：

   • 分析：若公司并非故意使用非清真原料，而是由于疏忽或管理不善导致原料问题，且未造成严重后果，可能不构成刑事责任，但可能需承担民事或行政责任。

2. 未达到刑事立案标准：

   • 分析：即使公司存在使用非清真原料的行为，但若销售金额未达到刑事立案标准，或未造成其他严重后果，也可能不构成刑事责任。

3. 存在免责事由：

   • 分析：如公司能够证明其已尽到合理的审查义务，或存在其他免责事由，如原料供应商的欺诈行为等，也可能减轻或免除其刑事责任。

三、法律建议

1. 立即停止违法行为：

   • 建议：若公司确实存在使用非清真原料生产清真认证产品的行为，应立即停止该行为，并采取措施防止类似情况再次发生。

2. 积极配合调查：

   • 建议：若公司已受到相关部门的调查或指控，应积极配合调查，如实说明情况，提供相关证据，以减轻或免除法律责任。

3. 寻求法律帮助：

   • 建议：公司应尽快咨询专业律师，了解自身法律责任和应对策略，以便更好地维护自身权益。

4. 加强内部管理：

   • 建议：公司应加强内部管理，完善原料采购、生产、销售等环节的监管机制，确保产品质量和合规性。

进一步思考：公司在使用清真认证时，应严格遵守相关法律法规和行业标准，确保原料的真实性和产品的合规性。若存在疑问或不确定的情况，应及时咨询专业律师或相关机构，以避免法律风险。如有任何法律问题，可直接向我咨询，我擅长处理刑事辩护和公司法务相关问题。