员工申请转正加薪不通过，其后续情况主要取决于公司的具体决定以及相关法律法规的约束。以下是对此问题的详细解答：
一、公司决定层面
继续留用但维持原待遇：
- 如果公司认为员工在试用期内或当前阶段的表现尚未达到转正或加薪的标准，但认为员工有潜力或价值，公司可能会选择继续留用员工，但维持其原有的薪资和职位不变。这种情况下，员工需要继续努力工作，提升自己的能力和表现，以争取未来的转正或加薪机会。
解除劳动合同：
- 如果公司认为员工在试用期内或当前阶段的表现确实不符合公司的要求或录用条件，且没有继续留用的必要，公司可能会选择解除与员工的劳动合同。但需要注意的是，公司解除劳动合同必须遵循相关法律法规的规定，不能随意解除。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，试用期内被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同，但这个录用条件必须是被严格限制的，且公司必须能够举证证明员工不符合录用条件的具体事实成立。同时，解除行为还应在试用期期满前作出，否则构成违法解除劳动合同。
二、法律法规层面
违法解除劳动合同的赔偿：
- 如果公司违法解除劳动合同，即未经合法程序或未满足法定条件而解除与员工的劳动合同，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位违法解除劳动合同时，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当按经济补偿金的二倍支付赔偿金。
试用期期限和约定的限制：
- 试用期并不是可以随意延长的。根据《劳动合同法》的规定，用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期，且试用期的期限受到法律的严格限制。
- 如果公司试图通过延长试用期来规避转正或加薪的责任，这种行为是违法的，员工有权拒绝并维护自己的合法权益。
三、员工应对建议
了解公司政策和法律法规：
- 员工在入职前应详细了解公司的试用期政策、转正条件以及加薪机制等，以便在申请转正加薪时有明确的依据和期望。
- 同时，员工也应了解相关的法律法规，如《劳动合同法》等，以便在权益受到侵害时能够及时维权。
积极沟通并提升表现：
- 如果员工申请转正加薪未通过，可以与公司进行积极沟通，了解具体原因和改进方向。
- 同时，员工应努力提升自己的工作能力和表现，以争取未来的转正或加薪机会。
依法维权：
- 如果员工认为公司的决定违反了相关法律法规或劳动合同的约定，可以依法向劳动仲裁机构或法院申请仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，员工申请转正加薪不通过后，公司可能会选择继续留用但维持原待遇或解除劳动合同。但无论公司做出何种决定，都必须遵循相关法律法规的规定。员工在面对这种情况时，应了解公司政策和法律法规、积极沟通并提升表现、依法维权。