保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为确实可以收缴非法获取、持有的国家秘密载体。以下是具体的解释和依据：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国保守国家秘密法》第四十五条，保密行政管理部门对保密检查中发现的非法获取、持有的国家秘密载体，应当予以收缴。
   • 《中华人民共和国保守国家秘密法实施条例》（2014年国务院令第646号）第三十六条也明确规定，保密行政管理部门收缴非法获取、持有的国家秘密载体时，应当进行登记并出具清单，查清密级、数量、来源、扩散范围等，并采取相应的保密措施。

2. 收缴程序：

   • 保密行政管理部门在发现违法行为后，会进行调查确证，并进行书面记录。
   • 调查时，执法人员不得少于两人，且应出示执法证件，允许当事人辩解陈述。
   • 执法人员经过对违法事实调查确证后，会查清收缴的涉密载体密级、数量、来源、扩散范围，并提出处理意见。
   • 在作出行政处罚决定之前，保密行政管理部门会告知当事人处罚的事实、理由和依据，以及其依法享有的陈述、申辩等权利。
   • 随后，保密行政管理部门会依法对非法获取、持有的国家秘密载体进行收缴，并向当事人送达收缴通知书，出具收缴清单。

3. 协助与配合：

   • 保密行政管理部门在收缴过程中，可以提请公安、工商行政管理等有关部门协助，这些部门应当予以配合。

综上所述，保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为时，有权且应当收缴非法获取、持有的国家秘密载体，并依法进行后续处理。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。