保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为时，可以采取多种措施以确保国家秘密的安全和保密法规的有效实施。然而，根据相关法律法规，有些措施并不在保密行政管理部门的处置范围内。针对您提出的问题，“保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为可以采取的措施不包括”，以下是我给出的分析：

首先，我们需要明确保密行政管理部门在保密检查中的法定职权。根据《中华人民共和国保守国家秘密法》及相关实施条例，保密行政管理部门在保密检查中可以采取的措施包括但不限于：查询、调阅相关资料，进入相关场所实地查看，向有关人员了解情况，通过记录、录音、录像等方式留存证据，责令停止违法行为，以及调查或组织查处泄露国家秘密的案件等。

接下来，我们分析题目中的关键信息，即“不包括”的措施。这意味着我们需要找出那些虽然可能在一般行政执法中出现，但根据保密法律法规，并不属于保密行政管理部门在保密检查中可以采取的措施。

1. 不属于保密行政管理部门的措施：

   • 查封：查封通常属于工商、税务、海关等行政执法部门的职权，用于对涉嫌违法行为的场所、物品进行封存，以防止证据灭失或转移。在保密检查中，保密行政管理部门并不具备直接查封的权力。

2. 属于保密行政管理部门的措施（为完整性列举，虽非题目直接要求）：

   • 限期整改：要求被检查单位对存在的保密问题在规定时间内进行整改。
   • 责令停止使用：对于存在严重泄密隐患的设备、设施或信息系统，责令其停止使用。
   • 其他依法可采取的措施：如销毁处理涉密载体、教育培训涉密人员等。

综上所述，保密行政管理部门在保密检查中发现违法行为时，可以采取多种措施，但不包括查封。如果您在保密工作方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会尽力为您提供专业的解答。