当发现机关单位存在保密违法犯罪行为时，应当遵循以下步骤进行处理：

首先，要明确识别并确认所发现的确实为保密违法行为。这可能包括但不限于非法获取、持有、泄露或传播国家秘密等行为。一旦确认，应立即采取行动，以防止保密违法行为的进一步扩散或造成更大的损害。

接下来，根据《中华人民共和国保守国家秘密法》的规定，对于涉嫌保密违法的行为，应当及时调查处理。这可以由发现违法行为的个人或组织进行初步调查，并收集相关证据。同时，也可以组织或督促有关机关、单位进行进一步的调查处理。在调查过程中，应确保程序的合法性和公正性，并尊重被调查对象的合法权益。

如果调查发现涉嫌犯罪的行为，那么应当依法移送监察机关、司法机关处理。这意味着，对于涉及刑事犯罪的保密违法行为，需要由专业的执法机关进行进一步的侦查、起诉和审判。移送过程中，应确保案件材料的完整性和真实性，以便监察机关、司法机关能够准确、高效地处理案件。

此外，保密行政管理部门在保密检查和案件调查处理中，如果发现非法获取、持有的国家秘密载体，应当予以收缴；发现存在泄露国家秘密隐患的，应当要求相关机关、单位采取措施，限期整改；对于存在泄露国家秘密隐患的设施、设备、场所，应当责令停止使用，以确保国家秘密的安全。

总的来说，发现机关单位有保密违法犯罪行为时，应及时、依法进行处理，确保国家秘密的安全和保密工作的有效进行。同时，也应加强保密法律法规的宣传和教育，提高全民的保密意识和能力。