当机关单位发生重大泄露国家秘密案件时，这是一个极其严肃且需要立即应对的问题。以下是我为您提供的详细处理流程和建议：

一、立即采取补救措施

一旦发现国家秘密已经泄露或者存在泄露的可能，机关单位必须迅速、果断地采取补救措施。这包括但不限于：

1. 隔离涉密信息：立即停止涉密信息的传播，切断可能的泄露渠道，如关闭相关网络、系统或设备。
2. 评估损失：对泄露事件进行初步评估，了解泄露的信息内容、范围、可能造成的后果等，以便为后续处理提供依据。
3. 采取技术手段：利用技术手段，如数据加密、数据恢复、网络监控等，尽可能减少泄露带来的损害。

二、及时报告

根据《中华人民共和国保守国家秘密法实施条例》的相关规定，机关单位在发现国家秘密泄露后，必须在24小时内迅速向同级保密行政管理部门和上级主管部门进行报告。报告内容应包括：

1. 泄露事件的基本情况：如泄露的时间、地点、方式、泄露的信息内容等。
2. 已采取的补救措施：说明已经采取的补救措施及其效果。
3. 后续处理计划：提出后续的处理计划，包括进一步调查、追责、防范等。

同时，地方各级保密行政管理部门在接到泄密报告后，也负有在24小时内逐级上报至国家保密行政管理部门的责任，以确保形成快速响应机制。

三、配合调查与处理

机关单位应积极配合保密行政管理部门和上级主管部门的调查工作，如实提供情况，协助调查人员查明事实真相。对于违反保密规定，导致国家秘密泄露的行为，我国法律将依法追究相关人员的法律责任。这可能包括行政处分（如警告、记过、降职等）和党纪处分（如党内警告、严重警告、撤销党内职务等），具体根据泄密事件的性质、情节轻重以及造成的后果等因素来综合考量。

四、加强后续防范

在处理完泄密事件后，机关单位应深刻反思，加强后续防范工作。这包括：

1. 完善保密管理制度：建立健全保密管理制度，明确保密责任，加强保密教育，提高全体工作人员的保密意识。
2. 加强技术防范：利用先进的技术手段，如加密技术、访问控制技术等，加强涉密信息的保护。
3. 定期进行保密检查：定期对涉密信息系统、设备、场所等进行保密检查，及时发现并消除泄密隐患。

总之，机关单位在发生重大泄露国家秘密案件时，必须立即采取补救措施并及时报告，积极配合调查与处理，并加强后续防范工作。只有这样，才能确保国家秘密的安全无虞，为国家的长治久安贡献自己的力量。