元旦不上班扣工资一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法定节假日的带薪休假权利
元旦是《中华人民共和国劳动法》规定的国家法定假日之一。根据《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，如果劳动者在元旦当天正常休假，即使未提供实际劳动，用人单位也应按照其正常出勤的标准支付工资。例如，对于月薪制员工，其元旦当天的工资计算方式通常为月工资除以月计薪天数（一般为21.75天）。因此，在元旦不上班的情况下，劳动者通常应享有带薪休假的权利，用人单位不得无故扣减工资。
二、特殊情况下的工资处理
尽管元旦作为法定节假日原则上应支付工资，但在某些特殊情况下，工资支付可能会有所不同：
请假：如果劳动者在元旦期间主动请假（如事假），用人单位可以不支付请假期间的工资。然而，如果是请病假，则应根据相关规定支付病假工资，通常不低于当地最低工资标准的一定比例（如80%）。但这种情况并不适用于元旦正常休假的情况，仅针对劳动者主动请假的情况。
用人单位特别规定：有些用人单位可能会根据自身经营情况和员工工作性质，对法定假日的工资支付做出特别规定。这些规定可能以劳动合同、员工手册或公司规章制度的形式出现。但这些特别规定不得违反法律法规的强制性规定，即不得剥夺劳动者在法定节假日应享有的带薪休假权利。如果用人单位试图通过特别规定来扣减元旦不上班的工资，那么这种规定是无效的，劳动者有权拒绝并维护自己的合法权益。
三、用人单位违法扣减工资的法律后果
如果用人单位违反法律规定，无故扣减劳动者在元旦不上班期间的工资，劳动者有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，明确表达要求支付应得工资的诉求。在协商过程中，注意保留相关证据，如劳动合同、工资条等，以证明自己的工资权益受到侵害。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其介入调查并督促用人单位限期支付应得工资。劳动监察部门有权对用人单位进行监督检查，并可依据法律规定对违法行为进行处罚。
申请劳动仲裁或提起诉讼：若劳动监察部门的处理未能满足劳动者的诉求，或者劳动者希望直接通过法律程序解决争议，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需要充分准备证据，积极参与庭审，以争取自己的合法权益得到法院或仲裁机构的支持。
综上所述，元旦不上班扣工资一般是不合法的。劳动者在享受法定节假日带薪休假的同时，也应注意了解并遵守用人单位的相关制度和规定。如果对自己的工资权益有疑问或争议，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。