格式条款即使已经履行完毕，在特定情形下仍然可以被认定为无效。以下是对这一问题的详细分析：
一、格式条款无效的认定情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，格式条款在以下情形下将被认定为无效：
具有民事法律行为无效的情形：
- 无民事行为能力人提供的格式条款：若格式条款是由无民事行为能力人（如不满八周岁的未成年人）独立拟定并提供的，该格式条款无效。
- 虚假意思表示的格式条款：若提供格式条款的一方并非出于真实意愿，而是为了某种虚假目的，该格式条款同样无效。
- 违反法律、行政法规的强制性规定及违背公序良俗的格式条款：格式条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。否则，该格式条款无效。例如，赌博性质的合同中的格式条款就因违反这些规定而无效。
- 恶意串通损害他人合法权益的格式条款：如果提供格式条款的一方与另一方恶意串通，通过格式条款损害了第三人的合法权益，该格式条款亦无效。
不合理地免除或者减轻提供方责任、加重对方责任、限制对方主要权利：
- 提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务。如果格式条款不合理地免除了提供方的责任（特别是造成对方人身伤害或因故意及重大过失造成对方财产损失的责任），或者减轻了其应承担的责任，同时加重了对方的责任，或者限制了对方的主要权利（如知情权、选择权、公平交易权、索赔权等），这样的格式条款将被认定为无效。
排除对方主要权利：
- 格式条款如果排除了对方的主要权利，即根据合同的性质和目的，对方当事人应当享有的基本权利，那么该条款同样无效。例如，在买卖合同中，消费者购买商品后依法享有要求商品质量符合标准、退换货等主要权利。如果商家通过格式条款排除了消费者的这些权利，该格式条款就不具有法律效力。
二、履行完毕不影响无效认定的法律逻辑
格式条款的无效认定是基于其内容本身的违法性或不合理性，而非基于其是否已经履行完毕。即使格式条款已经履行完毕，如果其存在上述无效情形，仍然可以被依法认定为无效。这是因为无效的法律行为自始无效，不会因为其已经履行完毕而改变其无效的性质。
三、实际案例与法律后果
在实际案例中，如果格式条款被认定为无效，那么该条款自始不具有法律约束力。这意味着，即使双方已经按照该条款履行了各自的义务，如果该条款被认定为无效，那么履行行为也将失去法律基础。此时，双方可能需要根据实际情况进行协商，以确定如何处理已经履行的部分。如果协商不成，双方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。
四、建议与注意事项
- 在签订合同时仔细审查格式条款：确保格式条款的内容合法、合理，不损害双方当事人的合法权益。
- 及时寻求法律援助：如果发现格式条款存在无效情形，应及时提出并寻求法律援助以维护自身权益。
- 保留相关证据：在履行合同过程中，应保留好与格式条款相关的证据，以便在争议发生时能够证明自己的主张。
综上所述，格式条款即使已经履行完毕，在特定情形下仍然可以被认定为无效。因此，在签订和履行合同时，双方应仔细审查格式条款的内容，确保其合法性和合理性。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。