作为机关单位的临聘人员，如果遇到不公平待遇，您可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

一、内部协商与沟通

首先，我建议您尝试与直接上级或人力资源部门进行沟通，明确表达您所遇到的不公平待遇情况，并寻求合理的解决方案。很多时候，问题可能源于误解或沟通不畅，通过内部协商往往能够迅速解决。

二、申请调解

如果内部协商无果，您可以考虑向调解组织申请调解。调解组织包括企业劳动争议调解委员会、基层人民调解组织、在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织，以及行业性、区域性争议调解组织等。您可以选择合适的调解组织，并按照其要求提交调解申请书。调解组织会通过劝说疏导等方式，帮助双方当事人自愿达成调解协议。此外，您还可以利用人力资源社会保障部开发的“互联网+调解”服务平台，在线申请调解，方便快捷。

三、申请仲裁

如果调解不成功或对方不履行调解协议，您可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提交书面仲裁申请，并载明相关事项，如劳动者的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求和所根据的事实、理由，以及证据和证据来源等。仲裁委员会在受理申请后，会在规定时间内开庭审理案件，并作出裁决。申请仲裁是免费的，不收取任何费用。

四、举报违规行为（如适用）

如果您认为所遇到的不公平待遇与机构编制违规违纪问题有关，例如擅自超编进人、擅自设立机构或提高机构级别等，您可以拨打全国统一的“12310”举报电话向所在地机构编制部门举报。但需要注意的是，涉及具体人员去留和待遇等问题的举报，可能不属于机构编制部门的受理范围。因此，在举报前，请确保您的举报内容符合机构编制部门的受理范围。

五、考虑诉讼

如果您对仲裁裁决不服，可以考虑依照《劳动争议调解仲裁法》向有管辖权的人民法院提起诉讼。但请注意，一般情况下，不能直接向人民法院起诉，必须要先经过仲裁才行。对于发生法律效力的裁决书，如果一方当事人拒不履行裁决，另一方可以依法向人民法院申请执行。

总之，作为机关单位的临聘人员，在遇到不公平待遇时，您有多种途径来维护自己的合法权益。我建议您根据实际情况选择合适的方式，并咨询专业人士的意见，以确保您的权益得到充分保障。