结论：行政再审申请人提交了有效的新证据，但法院驳回再审申请时未说明未采纳新证据的理由，这确实可能引发申请人的疑虑。针对此情况，我将从法律程序、新证据的认定及法院驳回理由的说明义务等角度进行分析。
法律程序角度：
- 在行政再审程序中，申请人提交新证据是其行使诉讼权利的一种方式。法院在审查再审申请时，应当对新证据进行全面、客观的审查，并根据审查结果决定是否采纳。
- 若法院认为新证据不足以改变原判决、裁定的结果，或者新证据与案件事实无直接关联，法院有权决定不采纳该新证据。然而，法院在驳回再审申请时，应当明确说明不采纳新证据的具体理由，这是程序公正和透明度的要求。
新证据的认定角度：
- 新证据的有效性并非仅由申请人单方面认定，而是需要法院根据法律规定和案件事实进行综合判断。新证据应当具有真实性、合法性和关联性，且足以影响原判决、裁定的结果。
- 若法院未采纳新证据，可能是因为新证据不符合上述认定标准，或者虽然符合但不足以改变原判决、裁定的结果。但无论如何，法院都应当给出明确的理由说明，以便申请人了解法院的判断依据。
法院驳回理由的说明义务：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，法院在驳回再审申请时，应当说明驳回的理由。这包括不采纳新证据的理由，以及其他导致驳回再审申请的原因。
- 若法院未说明不采纳新证据的理由，可能构成程序瑕疵，甚至可能影响再审申请的公正性和合法性。申请人有权要求法院补充说明理由，或者通过其他法律途径寻求救济。
建议：
- 若您作为再审申请人，遇到法院驳回再审申请且未说明不采纳新证据理由的情况，您可以首先向法院提出书面申请，要求法院补充说明驳回理由。
- 若法院仍未给出明确答复，您可以考虑向上级法院申请再审，或者通过其他法律途径（如申诉、信访等）寻求救济。在此过程中，建议您咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 若法院未说明不采纳新证据的理由，且该理由对再审申请的结果产生实质性影响，那么该驳回决定可能因程序瑕疵而被上级法院撤销或改判。
- 但若新证据确实不足以改变原判决、裁定的结果，或者法院有其他合法理由驳回再审申请，那么即使未说明不采纳新证据的理由，也可能不会影响驳回决定的合法性。
总之，法院在驳回再审申请时，应当明确说明不采纳新证据的理由。若法院未履行此义务，申请人有权要求法院补充说明或通过其他法律途径寻求救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。