《公司法司法解释三》目前仍然有效，并未被废止。以下是对此问题的详细分析：

一、法律效力确认

《公司法司法解释三》是最高人民法院针对公司法实施过程中出现的具体法律问题所制定的司法解释，其目的在于统一裁判尺度，解决公司纠纷。尽管随后有《公司法司法解释四》等后续解释的颁行，但这些解释并非取代或废除之前的解释，而是作为前述解释的完善与补充。因此，《公司法司法解释三》在未被明确废止或修订之前，其法律效力是应当被认可和遵循的。

二、实践应用与作用

1. 解决公司纠纷：

   • 《公司法司法解释三》对于公司设立、出资、股权确认等相关法律问题进行了明确规定，为法院处理涉及公司资本充实、股东资格认定等具体案件提供了较为明确的法律依据。
   • 在实践中，该解释有助于统一裁判尺度，减少同案不同判的现象，从而维护司法公正和权威。

2. 指导公司运营：

   • 除了解决纠纷外，《公司法司法解释三》还为公司运营提供了法律指导。例如，它明确了股东出资的义务和责任，有助于规范公司资本制度，保护公司债权人的利益。
   • 同时，该解释也涉及股权转让、股东权利保护等方面，为公司股东行使权利、履行义务提供了法律保障。

三、后续发展与适用

1. 结合新情况适用：

   • 随着经济社会的发展和法律实践的丰富，部分条款可能会在后续的司法实践中结合新的情况和法律理念进行理解和适用。但这并不意味着该解释被废止或失效，而是对其进行了进一步的细化和完善。

2. 关注修订动态：

   • 虽然《公司法司法解释三》目前仍然有效，但法律和司法解释是随着时代发展而不断完善的。因此，建议关注最高人民法院的官方发布渠道，及时了解该解释的修订动态和最新适用情况。

建议：

• 在处理涉及公司法的具体案件时，应首先查阅最新的法律法规和司法解释，确保所依据的法律规范是现行有效的。
• 若对《公司法司法解释三》的具体条款或适用存在疑问，可以进一步向我咨询，我将结合具体案情和法律规定提供详细的法律意见。

综上所述，《公司法司法解释三》目前仍然有效，并在解决公司纠纷、指导公司运营等方面发挥着重要作用。