结论：执行法院能否以公司与股东财产混同为由追加一人有限责任公司的多次变更后的股东为被执行人，需根据具体情况判断，若能证明变更后的股东与公司存在财产混同，则法院可以追加；若不能证明，则法院不应追加。
一、法律背景与原则
根据《公司法》及相关司法解释，一人有限责任公司（以下简称“一人公司”）的股东对公司债务承担有限责任，但这一有限责任的前提是股东财产与公司财产相互独立。若股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产，则应当对公司债务承担连带责任。这一原则同样适用于一人公司股东发生变更的情况。
二、股东变更与财产混同的判断
股东变更不影响财产混同的判断：
- 一人公司的股东变更，并不改变公司作为独立法人的地位。无论股东如何变更，公司财产的独立性都是判断股东是否应对公司债务承担连带责任的关键。
- 若变更后的股东能够证明公司财产独立于其自己的财产，则无需对公司债务承担连带责任。
财产混同的证明责任：
- 根据“谁主张，谁举证”的原则，若申请执行人主张变更后的股东与公司存在财产混同，应提供相应证据。
- 变更后的股东若认为不存在财产混同，应提供反证，如公司财务账目清晰、资金往来独立等证据。
三、执行法院的追加权
执行法院的追加依据：
- 根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》，执行法院在特定情形下可以追加被执行人。
- 若申请执行人能证明变更后的股东与公司存在财产混同，且该混同导致公司无法清偿债务，则执行法院有权追加该股东为被执行人。
执行法院的审查程序：
- 执行法院在决定是否追加被执行人时，会进行审查，包括听取双方当事人的意见、审查相关证据等。
- 若执行法院认为申请执行人的主张成立，且变更后的股东未能提供充分反证，则可能裁定追加该股东为被执行人。
四、实际操作中的建议
对于申请执行人：
- 在申请追加变更后的股东为被执行人时，应充分收集证据，证明股东与公司存在财产混同。
- 可以考虑申请法院进行财务审计，以获取更直接的证据。
对于变更后的股东：
- 若认为不存在财产混同，应积极准备反证，如提供公司财务账目、资金往来记录等。
- 可以考虑在变更前进行财务清理和审计，以避免后续纠纷。
总结与建议：执行法院能否以公司与股东财产混同为由追加一人有限责任公司的多次变更后的股东为被执行人，取决于是否能证明变更后的股东与公司存在财产混同。若能证明，则法院可以追加；若不能证明，则法院不应追加。因此，在实际操作中，双方当事人都应充分准备证据，以维护自己的合法权益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。