结论：政府领导在协议上签字但未盖公章，该协议的效力需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
协议效力的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同的成立通常需要双方当事人的意思表示一致，并且符合法律规定的形式要求。在书面合同中，签字或盖章是常见的确认合同成立的方式。
签字与盖章的法律意义：
- 签字是当事人对合同内容的确认和接受，表示其愿意受合同条款的约束。
- 盖章则是法人或组织对合同内容的确认，具有更强的法律效力和证明力。在涉及政府或法人组织的合同中，盖章往往被视为合同生效的必要条件之一。
未盖公章的协议效力分析：
- 若政府领导签字代表其个人行为：如果政府领导在协议上的签字仅代表其个人行为，而非政府或组织的官方行为，且该协议内容不涉及政府或组织的公共事务或职责，那么该协议可能仅对签字个人产生约束力，对政府或组织不产生法律效力。
- 若政府领导签字代表政府或组织行为：如果政府领导在协议上的签字被视为代表政府或组织的官方行为，但未加盖公章，此时协议的效力则存在争议。一方面，签字可能表明政府或组织对协议内容的认可；另一方面，未加盖公章可能影响协议的正式性和法律效力。在这种情况下，需要结合其他证据（如政府或组织的授权文件、会议纪要等）来综合判断协议的效力。
- 特殊情形下的效力认定：在某些特殊情况下，即使协议未加盖公章，但如果政府或组织已经实际履行了协议中的部分或全部义务，或者通过其他方式表明了对协议内容的认可，那么该协议也可能被认定为有效。
法律建议：
- 对于政府或组织而言，在签订协议时，应确保协议上加盖公章，以明确协议的法律效力和双方的权利义务。
- 对于个人或企业而言，在与政府或组织签订协议时，应要求对方加盖公章，并保留好相关证据（如签字样本、授权文件等），以备不时之需。
- 如果协议已经签订但未加盖公章，且双方对协议效力存在争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷。
进一步思考：在实际操作中，协议的效力不仅取决于签字和盖章的形式要求，还受到协议内容、双方当事人的意思表示、法律规定等多种因素的影响。因此，在签订和履行协议时，应充分考虑各种因素，确保协议的合法性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。