核心结论：发现工资少了1000块，可通过以下步骤处理，以维护自身合法权益。

1. 核实工资减少原因

   • 查看工资条与劳动合同：首先，仔细核对工资条上的各项明细，包括基本工资、奖金、津贴、扣款等项目，确认减少的1000元具体属于哪一部分。同时，查阅劳动合同中关于工资构成、发放时间、调整机制等条款，判断公司是否存在违反合同约定的行为。
   • 询问公司财务或人事部门：若工资条或合同中未明确说明减少原因，可直接向公司财务或人事部门询问，要求其提供详细的工资计算依据和扣款说明。

2. 判断公司行为是否合法

   • 合法扣款情形：根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，公司可因员工迟到、早退、旷工、违纪、赔偿公司损失等情形扣款，但扣款金额不得超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司扣款符合上述规定，且员工存在相应过错，则扣款行为可能合法。
   • 非法扣款情形：若公司无正当理由（如未提前通知、未与员工协商一致、扣款金额超过法定限额等）扣减工资，或扣款后员工工资低于当地最低工资标准，则公司行为可能违法。

3. 采取维权措施

   • 与公司协商：若认为公司扣款行为不合法，可首先尝试与公司协商，要求公司补发被扣减的工资，并说明理由和法律依据。
   • 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，提供工资条、劳动合同、扣款说明等证据，要求劳动监察部门介入调查并处理。
   • 申请劳动仲裁：若劳动监察部门处理未果，或员工对处理结果不满意，可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿金。
   • 提起诉讼：若对劳动仲裁结果不满意，还可向法院提起诉讼，通过司法途径维护自身权益。

4. 注意事项

   • 保留证据：在整个过程中，务必保留好工资条、劳动合同、扣款说明、协商记录、投诉材料等证据，以备后续维权使用。
   • 及时行动：发现工资减少后，应尽快采取行动，避免超过法定时效（如劳动仲裁时效一般为一年），导致权益无法得到保障。