结论：公司停业整顿期间，其他资质施工项目是否可以继续施工并合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和法律法规进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 停业整顿的性质与范围：

   • 若停业整顿是全面性的：即公司所有业务活动均被暂停，那么在此期间，任何施工项目，无论其资质如何，均不应继续进行。因为全面停业整顿意味着公司需要集中精力解决导致停业的问题，任何业务活动都可能分散注意力，影响整顿效果。
   • 若停业整顿是局部性的：即仅针对公司某些特定业务或部门进行整顿，而其他业务或部门不受影响，那么对于那些不受停业整顿影响的资质施工项目，理论上是可以继续施工的。但这也需要确保施工活动不会干扰到整顿工作的进行，且符合相关法律法规的要求。

2. 资质施工项目的合法性：

   • 资质的有效性：即使公司处于停业整顿期间，如果其拥有的施工资质仍然有效，且该资质适用于正在进行的施工项目，那么从资质的角度来看，施工活动是合法的。但需注意，资质的有效性可能受到多种因素的影响，如资质证书的到期时间、是否按时进行年检等。
   • 施工活动的合规性：除了资质的有效性外，施工活动本身也必须符合相关法律法规的要求，包括但不限于施工安全、环境保护、劳动用工等方面的规定。如果施工活动存在违法违规行为，那么即使公司处于停业整顿期间，该施工活动也是不合法的。

3. 相关法律法规的约束：

   • 公司法相关规定：公司法可能对公司停业整顿期间的业务活动有所限制，需要查阅具体条款以确定施工活动是否受影响。
   • 建筑法及相关法规：建筑法及其相关法规对施工活动的合法性有明确规定，包括施工资质的取得、使用和管理等方面。在停业整顿期间，公司必须确保施工活动符合这些法规的要求。
   • 地方性法规和政策：不同地区可能对施工活动有特定的地方性法规和政策要求，公司也需要予以遵守。

4. 实际操作中的建议：

   • 咨询相关部门：在停业整顿期间，公司最好咨询当地建设主管部门或相关监管机构，了解施工活动是否可以继续进行以及需要满足哪些条件。
   • 完善内部管理：公司应加强内部管理，确保施工活动在停业整顿期间不会干扰到整顿工作的进行，同时符合相关法律法规的要求。
   • 及时沟通与报告：如果公司决定在停业整顿期间继续施工，应及时与整顿工作组或相关监管机构进行沟通，报告施工活动的进展情况，以便及时获得指导和支持。

总结与提醒：公司停业整顿期间其他资质施工项目是否可以继续施工并合法，需要综合考虑停业整顿的性质与范围、资质施工项目的合法性、相关法律法规的约束以及实际操作中的建议等多个方面。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你提供专业的法律服务。