工业用厂房用于商业经营订立的合同是否合法，关键在于是否依法办理了土地用途变更手续。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情形及法律后果
违反土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，土地用途有严格划分，工业用地专为工业生产、研发等活动设定，而商业经营用地则用于商业服务业。
- 擅自将工业用地转为商业用地，违反了土地用途管制制度，破坏了土地利用的整体规划和布局。
法律责任：
- 未经批准擅自改变工业用地用途进行商业经营的，相关部门有权责令改正，要求恢复土地原有用途。
- 根据情节轻重，还可能面临罚款、土地使用权被收回等法律责任。
合同效力：
- 若合同内容涉及未经批准的工业用地转为商业经营，该合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效或部分无效。
二、合法的转变途径与条件
依法办理变更手续：
- 若工业用地确实需要转为商业用地，必须按照法定程序办理土地用途变更手续。
- 这包括向当地国土资源部门和规划部门提出申请，获得其书面同意，并报请原批准用地的人民政府进行批准。在城市规划区内改变土地用途的，还需先经城市规划行政主管部门同意。
符合城市规划要求：
- 转变后的土地用途必须符合城市规划要求，以确保土地利用的合理性和可持续性。
- 在申请变更前，需要对拟转变的商业用途进行充分的评估和规划，确保其与周边环境和城市发展相协调。
补缴土地出让金差价：
- 经批准后，用地单位通常需要按照规定补缴土地出让金差价，以反映不同土地用途之间的价值差异。
合同效力：
- 在依法办理了土地用途变更手续并获得批准后，工业用厂房用于商业经营的合同是合法的，具有法律效力。
三、注意事项与建议
权属清晰无争议：
- 在办理土地用途变更手续前，应确保工业用地的权属清晰、无争议，并已依法取得土地使用权证书。
充分评估风险：
- 在决定转变土地用途前，应对商业用途的可行性和风险进行充分评估，包括市场需求、竞争状况、投资回报等多个方面。
- 同时，还应确保合同条款的合法性和公平性，避免因合同问题引发纠纷。
及时办理手续并缴费：
- 一旦决定转变土地用途，应尽快按照法定程序办理相关手续并缴纳相关税费，避免因拖延或违规操作而面临法律风险和经济损失。
总结来说，工业用厂房用于商业经营订立的合同是否合法，取决于是否依法办理了土地用途变更手续。若未办理，则合同可能因违反法律强制性规定而无效或部分无效；若已办理并获得批准，则合同合法有效。因此，在签订此类合同时，务必确保土地用途的合法性，并咨询专业律师以规避法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。