结论：公司单方面不续签原合同但安排到新公司上班，签订协议是否合规需分情况讨论，关键在于协议内容是否合法、双方协商是否一致以及是否遵循了相关劳动法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、协议签订的合法性基础
协商一致原则：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更（包括用人单位主体的变更）应当遵循协商一致的原则。如果公司单方面决定不续签原合同，但安排员工到新公司上班，这实际上构成了劳动合同主体的变更，必须征得员工的同意。若员工同意，双方可以签订新的劳动合同或变更协议，明确新的工作条件、待遇等，这样的协议是合法的。
协议内容合法性：即使员工同意到新公司上班，签订的协议内容也必须合法。例如，协议中不得包含违反法律法规的条款，如降低员工工资、取消员工应享有的福利待遇等。如果协议内容违法，那么该协议是无效的。
二、可能存在的法律风险及应对
经济补偿问题：如果公司单方面不续签原合同，且未与员工就到新公司上班达成一致，那么公司可能需要按照《劳动合同法》的规定向员工支付经济补偿。经济补偿的计算标准通常是根据员工在公司的工作年限和月工资来确定的。如果公司未支付经济补偿，员工有权通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
新公司用工风险：即使员工同意到新公司上班，新公司作为新的用人单位，也需要承担相应的用工责任。如果新公司未按照法律法规的规定与员工签订劳动合同、未缴纳社会保险等，那么新公司可能面临劳动行政部门的处罚，员工也有权要求新公司承担相应的法律责任。
三、合规建议
明确协商过程：公司在决定不续签原合同并安排员工到新公司上班时，应当与员工进行充分的协商，确保员工了解并同意这一安排。协商过程中，公司应当向员工说明新公司的工作条件、待遇等，以便员工做出明智的选择。
签订书面协议：双方达成一致后，应当签订书面的协议或劳动合同，明确双方的权利和义务。协议内容应当合法、明确、具体，避免出现模糊不清或违法的条款。
遵守法律法规：公司在整个过程中应当严格遵守相关的劳动法律法规，确保员工的合法权益得到保障。如果公司存在违法行为，员工有权向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。
举例说明：假设员工A在公司工作了5年，月工资为1万元。公司决定不续签原合同，但安排A到新公司上班。如果A同意这一安排，并且新公司提供的待遇与原公司相当或更好，那么双方可以签订新的劳动合同或变更协议。但如果新公司提供的待遇明显低于原公司，或者A不同意到新公司上班，那么公司可能需要向A支付经济补偿，补偿标准为5个月工资（即5万元）。
最后，如果你在签订协议过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。