结论：劳动监察认定企业在员工不知情下违规变更劳动关系的，应当依法处理相关责任人。以下从多个角度进行分析说明：
一、法律责任角度
企业责任：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。企业在员工不知情的情况下违规变更劳动关系，显然违反了这些原则，侵犯了劳动者的合法权益。
- 劳动监察部门在发现此类违法行为后，有权责令企业改正，并可能根据违法情节的轻重，对企业处以罚款等行政处罚。
相关责任人责任：
- 对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，如果他们的行为构成了违法或违规，劳动监察部门可以依法给予他们相应的行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。
- 如果相关责任人的行为触犯了刑法，如构成欺诈、滥用职权等犯罪，那么他们还可能面临刑事责任的追究。
二、实际操作角度
劳动监察流程：
- 劳动监察部门在接到投诉或举报后，会依法进行调查核实。如果确认企业存在违规变更劳动关系的行为，且员工确实不知情，那么劳动监察部门会依法作出处理决定。
- 处理决定可能包括责令企业恢复原劳动关系、支付赔偿金、罚款等，并对相关责任人进行行政处分。
员工维权途径：
- 员工在发现自己的劳动关系被违规变更后，可以向劳动监察部门投诉或举报，要求依法处理。
- 同时，员工也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认原劳动关系的效力，并要求企业承担相应的法律责任。
三、法律后果与预防
法律后果：
- 企业违规变更劳动关系且员工不知情的，不仅可能面临劳动监察部门的行政处罚，还可能因员工的仲裁或诉讼而承担民事赔偿责任。
- 相关责任人也可能因违法或违规行为而受到行政处分或刑事责任的追究。
预防措施：
- 企业应严格遵守劳动法律法规，确保劳动关系的变更合法、合规，并充分保障员工的知情权。
- 员工也应增强法律意识，及时了解自己的劳动关系状况，并在发现异常时及时维权。
建议：如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议及时收集相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明原劳动关系的存在和违规变更的事实。然后，可以向当地的劳动监察部门投诉或举报，或者依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。