结论前置：在公安机关正在侦办的串通投标案件中，行政机关在特定条件下是可以同时进行行政处罚的。以下是对此问题的详细分析：

一、行政处罚与刑事侦查的独立性

行政处罚与刑事侦查是两种独立的法律程序，它们分别由行政机关和公安机关依据不同的法律法规进行。行政处罚主要针对违反行政法规的行为，而刑事侦查则是针对涉嫌犯罪的行为。在串通投标案件中，如果行为同时触犯了行政法规和刑法，那么行政机关和公安机关可以分别依据各自的职责进行处罚和侦查。

二、行政处罚的法律依据

根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法规，串通投标行为一旦查实，将面临严厉的行政处罚，包括但不限于中标无效、罚款、没收违法所得、资格限制、吊销营业执照等。这些行政处罚措施旨在维护市场公平竞争秩序，保护招标人、投标人和其他相关当事人的合法权益。

三、刑事侦查与行政处罚的并行性

在公安机关对串通投标案件进行刑事侦查的过程中，如果行政机关发现行为人存在违反行政法规的行为，且该行为尚未受到行政处罚，那么行政机关有权依法进行行政处罚。这是因为行政处罚和刑事侦查针对的是行为的不同方面，行政处罚针对的是违反行政法规的行为，而刑事侦查针对的是涉嫌犯罪的行为。两者并不互相排斥，可以并行不悖。

四、行政处罚与刑事处罚的衔接

需要注意的是，如果串通投标行为情节严重，构成犯罪，那么行为人除了可能面临行政处罚外，还可能承担刑事责任。在这种情况下，行政机关在作出行政处罚决定后，应当将案件移送司法机关，由司法机关依法进行刑事处罚。这体现了行政处罚与刑事处罚的衔接机制，确保了对违法行为的全面惩处。

五、实际操作中的注意事项

在实际操作中，行政机关和公安机关应当加强沟通协调，确保行政处罚和刑事侦查的顺利进行。行政机关在作出行政处罚决定前，应当充分了解案件情况，避免与刑事侦查产生冲突。同时，公安机关在侦查过程中也应当及时向行政机关通报案件进展，以便行政机关根据案件情况作出相应的行政处罚决定。

总结：在公安机关正在侦办的串通投标案件中，行政机关在特定条件下是可以同时进行行政处罚的。这既体现了行政处罚与刑事侦查的独立性，也体现了两者之间的衔接机制。如有更多关于串通投标案件的法律问题，可以直接向我咨询。