结论前置：关于您提到的实际到手工资一两万但合同只写三千，申请仲裁能赔偿多少的问题，这并非一个简单的数字计算问题，而是需要结合具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：

一、合同工资与实际工资不符的法律背景

在劳动法律关系中，劳动合同是确定双方权利和义务的重要依据。然而，实践中存在劳动合同中约定的工资与实际发放工资不一致的情况。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定的劳动报酬不得低于当地最低工资标准，且应当以货币形式按月支付给劳动者本人。若合同工资与实际工资不符，且实际工资高于合同工资，这通常不会直接导致用人单位需要支付赔偿，但可能引发关于工资支付、加班费计算、经济补偿金计算等一系列问题。

二、可能涉及的赔偿或补偿情况

1. 加班费计算：

   • 如果您存在加班情况，且加班费的计算基数（通常是实际工资）高于合同工资，那么您有权要求用人单位按照实际工资作为加班费的计算基数来支付加班费。
   • 计算公式：加班费 = 实际工资 / 21.75天（或月计薪天数） / 8小时 × 加班小时数 × 加班费倍数（如1.5倍、2倍、3倍等）。

2. 经济补偿金计算：

   • 在解除或终止劳动合同时，如果用人单位需要支付经济补偿金，且经济补偿金的计算基数（通常是离职前12个月的平均工资）高于合同工资，那么您有权要求用人单位按照实际平均工资来支付经济补偿金。
   • 计算公式：经济补偿金 = 离职前12个月平均工资 × 工作年限（每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资）。

3. 未签劳动合同的双倍工资差额：

   • 如果用人单位未与您签订书面劳动合同，您有权要求用人单位支付未签劳动合同的双倍工资差额。但这一差额的计算通常基于实际发放的工资，而非合同工资。不过，由于您已经签订了劳动合同（尽管工资约定不符），这一情况可能不适用。但值得注意的是，如果合同工资远低于实际工资，且存在用人单位故意隐瞒或欺诈的情况，您可能可以主张合同部分无效，并据此要求相关赔偿，但这需要具体证据支持。

4. 其他可能的赔偿：

   • 如果用人单位存在其他违法行为（如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等），您还有权要求用人单位支付相应的赔偿或补缴社会保险等。

三、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 保留好所有与工资支付相关的证据，包括工资条、银行转账记录、考勤记录等。
   • 如果可能的话，收集同事或相关人员的证言，以证明您的实际工资水平。

2. 与用人单位协商：

   • 在申请仲裁前，可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成一致意见并解决问题。

3. 申请劳动仲裁：

   • 如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位按照实际工资水平支付相关费用或赔偿。

4. 寻求法律援助：

   • 如果您在仲裁过程中遇到困难或需要进一步的法律帮助，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和支持。

最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此无法直接给出一个具体的赔偿数额。在申请仲裁前，建议您充分了解自己的权利和义务，并收集好相关证据以支持自己的主张。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。