孕期奖金二次分配不可以随意扣除。以下从不同角度进行分析：
从劳动合同和公司规章制度角度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了奖金的发放条件、方式和标准，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应当按照约定或规定执行。在孕期，女职工享有特殊的劳动保护，公司不能因女职工怀孕而单方面改变奖金的发放规则或随意扣除奖金。
- 如果公司规章制度中存在对孕期女职工不公平的条款，如“孕期女职工不参与奖金分配”或“孕期女职工奖金减半”等，这些条款可能因违反法律法规的平等原则和劳动保护原则而被认定为无效。
从法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期享有特殊的劳动保护，公司不得因女职工怀孕而降低其工资、福利等待遇或解除劳动合同。奖金作为工资的一部分，同样受到法律保护。
- 如果公司随意扣除孕期女职工的奖金，可能构成对女职工合法权益的侵害，女职工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发奖金并承担相应的法律责任。
从实际操作角度：
- 在实际操作中，公司应当建立公平、透明的奖金分配机制，确保所有员工都能按照相同的标准和条件参与奖金分配。对于孕期女职工，公司应当给予适当的关怀和照顾，但不应以此为由剥夺其应得的奖金。
- 如果公司确实需要因特殊情况（如经营困难、业绩下滑等）调整奖金发放政策，应当提前与员工进行沟通协商，并征得员工的同意。在协商过程中，公司应当充分考虑孕期女职工的特殊情况，确保调整后的政策不会对其造成不公平的影响。