结论：合同中约定“质量有问题依然要付款”的条款，其合法性并非绝对，而是取决于该条款是否违反了法律的强制性规定或公序良俗。若该条款未违反相关法律规定，且是双方真实意思的表示，则可能被认定为合法有效；但若该条款显失公平、存在欺诈或胁迫情形，或违反了法律、行政法规的强制性规定，则可能被认定为无效。
详细分析：
合同条款的合法性基础：
- 合同是双方意思表示一致的产物，其内容应当遵循法律、行政法规的强制性规定，并不得违背公序良俗。因此，合同中的任何条款，包括关于付款和质量问题的约定，都必须以合法为前提。
“质量有问题依然要付款”条款的合法性分析：
- 合法情形：如果双方在合同中明确约定，即使产品存在质量问题，买方仍需按照约定付款，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，同时双方是在平等、自愿、公平的基础上达成的该约定，那么该条款可能被认定为合法有效。例如，在某些特定交易中，买方可能基于对卖方技术或服务的特别信赖，而愿意承担一定的质量风险，并在合同中明确约定了相应的付款义务。
- 非法情形：然而，如果该条款显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。此外，如果该条款存在欺诈、胁迫等情形，或者违反了法律、行政法规的强制性规定（如产品质量法、消费者权益保护法等），那么该条款将被认定为无效。例如，如果卖方故意隐瞒产品存在的严重质量问题，而买方在不知情的情况下签订了包含“质量有问题依然要付款”条款的合同，那么该条款可能因欺诈而被认定为无效。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果合同中的“质量有问题依然要付款”条款被认定为无效或可撤销，那么买方在产品质量存在问题时，有权拒绝付款或要求卖方承担相应的违约责任。
- 建议：在签订合同时，双方应当充分协商并明确各自的权利和义务，特别是关于产品质量和付款问题的约定。买方在签订合同前应当对产品的质量进行充分的了解和评估，并在合同中明确约定质量标准、检验方法、违约责任等条款，以保障自己的合法权益。如果遇到合同纠纷或疑问，建议及时咨询专业律师以获取针对性的法律建议。
总结：合同中“质量有问题依然要付款”的条款合法性并非绝对，而是需要根据具体情况进行判断。在签订合同时，双方应当遵循法律、行政法规的强制性规定，并不得违背公序良俗，以确保合同条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。